קבורה יהודית שנייה - "ליקוט עצמות" מאת דורית גד

סדרי קבורה שייכים לאותם מנהגים שנחשבים ליותר קבועים בחברות האנושיות והם משקפים את הדרך בה נתפסים החיים והמוות בתרבות של אותה חברה. שינוי בסדרים אלה קשור, פעמים רבות, בשינוי שמתחולל במחשבה אודות מהות החיים והמוות. המאמר להלן יציג בפני הקורא את מנהג "ליקוט עצמות" שהיה חלק ממנהגי הקבורה היהודית קרוב ל- 500 שנה ויש בו להעיד על השינוי שהתרחש בחברה היהודית, החל מימי הבית השני, ועל האופן בה האמונה בחיי העולם הבא הפכה לאחת מאמונות היסוד של חברה זו.
מנהג "ליקוט עצמות" נזכר פעמים רבות בספרות התלמודית והממצא הארכיאולוגי מלמד שבשלהי בית שני, מאז התקופה ההרודיאנית ועד סוף המאה השלישית לספירה, נהגו יהודי ארץ-ישראל, כעבור שנה מיום הקבורה, לשוב אל קבר המשפחה, ללקט את עצמות מתיהם  ולהעבירם לגלוסקמות או לכוכים, שנועדו לקבורה שנייה .    
בשלהי תקופת הבית השני דרכי הקבורה היהודית משתנות ביחס לדרכי הקבורה שהיו נהוגות בתקופת הבית הראשון.
בימי הבית הראשון, הונח הנפטר במערת קבורה משפחתית על-גבי ספסל אבן והעצמות, שרידי הקבורות הקודמות, נערמו בפינת המערה או נאספו בגומחה או בור תחת הספסלים או במרכז החדר.
בימי הבית השני, במערות הקבורה נחצבו כוכים, שבהם הונח הנפטר בארון או ללא ארון למשך שנה – וזו קבורה ראשונה -  ועל ריצפת חדר-הקבורה או בכוכים מיוחדים הונחו גלוסקמות אבן ובתוכן עצמות המת, שלוקטו לתוכן כעבור שנה – וזו קבורה שנייה.
מנהג "ליקוט עצמות" וקיום קבורה שנייה כחלק מסדרי קבורה ראויים אינו מעשה שיש עמו הנאה ואין הוא קל לביצוע, בוודאי לא מן הבחינה האישית-פסיכולוגית. בנוסף, מנהגי קבורה מתקיימים לאורך דורות רבים ולכן הופעת מנהג "ליקוט עצמות" מעורר תהייה. יתרה על כך, התהייה מתעצמת על רקע הידיעה, שבימי בית שני הורחב תחומן של הלכות הטהרה ומצוות אלה הפכו לחובה העומדת בפני עצמה, הלכות קבועות, שהרבים נהגו בהם.
החברה היהודית בימי הבית השני היתה חברה שהתנהלה או לפחות ביקשה להתנהל בהתאם למצוות התורה. בהתאם לחוק היהודי נחשב המת  ל'אבי אבות הטומאה'. כל הנוגע באבר מאבריו, בעצם מעצמותיו, נטמא והופך 'אב טומאה' ומטמא אחרים הבאים עמו במגע. בכדי להיטהר מטומאת המת חייבים בטבילה ובהזאת מי חטאת, וָלא השפעתה של הטומאה נמשכת והולכת. על הכֹהנים נאסר בתכלית האיסור להיטמא למת, חוץ מאשר לאנשים מחוג המשפחה המצומצם ביותר או במקרה של 'מת מצווה'. ככלל, בני אדם במהלך חייהם לא יכלו להימנע 'מטומאת מתים', מכיוון שקבורת המת היתה 'עניין משפחתי' ומסורה בידי הקרובים. אלה שביקשו להקפיד על חיי טהרה נקראו 'חברים'  קיבלו על עצמם, בין היתר, "שלא יהא מטמא למתים" (משנה, דמאי ב ג). המגע עם המת היווה את אחד ממקורות הטומאה העיקריים ואפילו השהייה במחיצתו תחת אותה קורת גג, או נשיאתו בלא מגע ישיר, גרמו להתפשטותה. בחברה שבה מדקדקים בדיני טומאה וטהרה, מנהג "ליקוט עצמות" גרם לבעיות ממשיות. הצורך ל"היטמא למת" הוכפל, פעם במהלך הקבורה הראשונה וכעבור שנה בקבורה השנייה.
מהן הסיבות שמובילות חברה לשנות ממנהגיה? יש הטוענים שמגע עם תרבויות זרות מוביל לשינוי ובהשפעתן חל שינוי במנהגים מקומיים. האמנם היתה זו תרבות העולם ההלניסטי שהובילה לשינוי במנהג הקבורה היהודי ?
במחקר קיימת הנחה שאכן מקור מערת הכוכים הוא בעולם ההלניסטי אבל האם השינוי מתבטא רק במעבר לקבורה בכוכים עם או בלי ארון? לו התשובה על-כך היתה חיובית ייתכן וניתן היה לייחס את השינוי להשפעה תרבותית הלניסטית שיש עמה גם תשובה לבעיה אסתטית. אולם לצד קבורה בכוכים עם או בלי ארונות מופיע גם מנהג "ליקוט עצמות" והטמנתן בגלוסקמות או בכוכים – קבורה שנייה - ועובדה זו דורשת הסבר אחר.
במחקר נשמעות טענות שונות ביחס למנהג "ליקוט עצמות". יש הטוענים שמנהג זה הוא מן המנהגים הקדומים שאפיינו את יושבי האזור ואת היהודים ולכן אין לראות בו חידוש. טענה זו אינה מבחינה בין הימנעות מהוצאת עצמות מקברי אבות ובין ליקוט מכוון של עצמות והטמנתן בגלוסקמה או כוך, שהוכנו במיוחד לשם כך. טענה אחרת מבקשת להסביר את הופעת המנהג בנסיבות כלכליות או פרקטיות, אך לאלה אין הוכחות במציאות. ליקוט עצמות והטמנתן בגלוסקמות אבן לא פתר במערת הקבורה בעיות של צפיפות ובוודאי הקשה כלכלית על המשפחה, שהתחייבה בקניית הגלוסקמות ובטיפול נוסף בעצמות הנפטר.
לדעתנו, קרוב לוודאי, שליקוט עצמות קשור לתחום האמונה הדתית. שינוי בדרכי הקבורה מבטא באופן מוחשי את השינוי שחל בימי בית שני במחשבה היהודית אודות גורל האדם לאחר מותו: האמונה בחיים לאחר המוות ותחיית מתים.
האמונה בתחיית מתים הופיעה בישראל בעקבות הגזירות שגזר אנטיוכוס אפיפנס על הדת היהודית, במאה השנייה לפנה"ס. ספר דניאל, שנכתב במהלך הגזירות, מעלה לראשונה את הרעיון: "ורבים מישני עפר יקיצו אלה לחיי עולם ואלה לחרפות לדראון עולם" (יב, ב). מפורשות נאמרים הדברים בספר מקבים, על-ידי האחים המעונים ואמם, נוכח המלך האכזר: "מלך העולם יעיר אותנו המתים בעד תורתו לשוב אל חיי נצח" (מקבים ב' ז, ט-כג).
האמונה בתחייה מן המתים לא היתה נחלת כל האומה. יוסף בן מתתיהו מעיד שהאמונה בתחיית המתים היתה אחד מסימני ההיכר של הפרושים, שאימצו אמונה זו ונאבקו בצדוקים, שכפרו בה מכל וכל וראו בה הבל (מלח' ב, ח, יד).
יש לשים לב לעובדה, שגלוסקמות אבן נמצאו בירושלים, במערות קבורה דלות יחסית, בקברי 'המעמד הבינוני'. בקברים המונומנטליים, כגון, קבר יאסון או קברי סנהדריה לא נמצאו גלוסקמות. ייתכן והקברים הראשונים היו של פרושים, שהאמינו בתחיית מתים. האחרים - המונומנטליים, השתייכו לצדוקים, עשירי העם, שכפרו מכל וכל בתחיית מתים, ולכן לא נזקקו לגלוסקמות.
ייתכן, שחיזוק נוסף יכולים אנו לקבל מממצאי בתי העלמין בקומראן ובעין אל-ע'וור לחוף ים המלח. בחפירות, שם, נחשפו קברי מהמורה חפורים בקרקע, ובכל קבר נקבר אדם אחד בלבד, כשבחלק מן הקברים נמצאו גם שרידי ארונות עץ. לדעת החופרים, אלה הם קבריהם  של בני כת האיסיים או חברי כת מדבר יהודה והנפטרים נקברו במקום קבורה אחת וסופית. יוסף בן-מתתיהו מספר כי האיסיים האמינו בהשארות הנפש אך לא קיבלו את האמונה בתחיית מתים (מלח' ב, ח, יא).
סביר להניח, שהאמונה בתחיית מתים עשויה היתה להשפיע על שינוי בדרכי הקבורה. העובדה שעד-כה נמנעו מהוצאת עצמות נפטרים ממערת הקבורה לא ענתה על הצרכים החדשים של המאמינים בתחיית המתים. עצמות המתים נתערבבו במהלך הדורות והם נזקקו לדרך קבורה שבה זהות הפרט תישמר גם לאחר מותו.
חידת המוות ויום הדין העתיד לבוא, נידונים בחיבורים רבים מימי בית שני, אך הדיון בהם נותר במסגרת עיון תיאורטי בלבד, שבמרכזו גורל הנשמות לאחר המוות. עדות של ממש על קבורה וליקוט עצמות מצויה רק בספרות חז"ל וממנה עולה, שמנהג זה התקיים בסוף ימי הבית ולא פסק גם בימים שלאחר החורבן. 
העדות הקדומה ביותר על ליקוט עצמות מתים נמסרת מפי רבי אלעזר בן רבי צדוק, תנא בן הדור השלישי: "כך אמר לי אבא בשעת מיתתו: בני, בתחילה קברני בביקעה, ובסוף לקט את עצמיי ותנם בדלוסקמא, ואל תלקטם בידך. וכן עשיתי לו. נכנס יוחנן וליקטן, ופירס עליהן אפיקריסין, ונכנסתי וקרעתי עליהן, ונתתי עליהן ספירין יבישין; כשם שעשה לאביו כך עשיתי לו" (שמחות יב ט, מהד' היגער, עמ'  197). הדעת נותנת, כי זמנה של מסורת זו, אינו מאוחר לשליש הראשון של המאה השנייה לספירה. ר' צדוק ובנו, פועלים לצידו של רבן גמליאל דיבנה ויש להניח, שר' צדוק, נפטר קודם למרד בר-כוכבא.
מדברי ר' אלעזר בן רבי צדוק, מתבררים שלבי הקבורה: א) קבורה ראשונה - ב'ביקעה'. ב) קבורה שנייה - בגלוסקמה. ר' צדוק עצמו נהג באופן דומה בקבורת אביו, כך עולה מעדות בנו. כלומר, דרך קבורה זו נתקיימה עוד בפני הבית.
המונח  'ביקעה'  קרוב  לשונית  ל'בקיע'  המצוי בתוספתא, אהילות טז ב: "אחד המוציא שלושה מתים.... ואחד המוציא כוך בקיע ומערה". ממקום אחר בתוספתא, אנו למדים: "זוהי נברכת זו היא בקיע" (מועד קטן א ט),  ומכאן, שנברכת ובקיע הם בעצם היינו הך. במשנה, בבא בתרא ב א, נזכרת "נברכת הכובסין" (בריכה), ובמשמעות שונה נזכרת במשנה מועד קטן א ו: "אין חופרין כוכין וקברות במועד...ועושין נברכת במועד...". המונח 'נברכת' מציין איפוא מקום קבורה, שצורתו צורת בריכה ובדומה לו ה'בקיע'.
משמחות יב ט עולה, כי ה'ביקעה' נועדה לקבורה ראשונה,  ורק "בסוף", נתבקש רבי אלעזר בן רבי צדוק  ללקט את עצמות אביו. פרק הזמן שחלף בין קבורה ראשונה לשנייה, תלוי היה בתהליכי פרוק הגופה, "עד שיכלה הבשר" ורק אז ניתן לעבור לשלב ליקוט העצמות: "ליקוט עצמות אינו עד שיכלה הבשר; כלה הבשר, אין הצורה ניכרת בעצמות" (שמחות, יב ז, מהד' היגער, עמ' 196), אולם יש להמתין עד שהעצמות תתפרקנה מעליהן: "אין מפרקין את העצמות, ואין מפסיקין את הגידין, אלא אם כן נתפרקו העצמות מעצמן, ונתפסקו הגידין מעצמן" (שמחות, יב ו, מהד' היגער, עמ'  196). רבי צדוק אסר על בנו ללקט עצמותיו במו ידיו והמלאכה נעשית בידי יוחנן. כל אותו זמן, שוהה רבי אלעזר בן רבי צדוק מחוץ למערת הקבורה ורק לאחר שנאספו העצמות וכוסו באפיקריסין, הוא נכנס פנימה, קורע בגדיו ומפזר עליהם ספירין יבשין. אפשר, ובקשת רבי צדוק, להניח עצמותיו ב'דלוסקמא', יכולה לסייע בידינו בקביעת זמנה של המסורת בשמחות ולהוכיח, כי אופן ליקוט עצמותיו, אכן משקף את המנהג, שנהגו בו בפני הבית.
המונח 'גלוסקמא'/ דלוסקמא', במשמעות ארון קבורה, מופיע בספרות התלמודית פעמים ספורות בלבד. במשנה הוא נזכר רק פעם אחת, במסגרת דיון אודות טומאת ארון קבורה, אבל אין  טיבה של הגלוסקמא  מתברר. "ארון שהיא רחבה מלמטה וצרה מלמעלן והמת בתוכה, ... רחבה מלמעלן וצרה מלמטן….היתה שווה הנוגע בה מכל מקום – טמא; דברי רבי אליעזר. רבי יהושע אומר: מטפח ולמטן – טהור, מטפח ולמעלן – טמא. העשויה כמין קמטרא, הנוגע בה מכל מקום – טמא. כמין גלוסקום, הנוגע בה מכל מקום - טהור, חוץ ממקום פתיחתה" (אהלות ט טו). במסכת שמחות נאמר: "בן שנים עשר חודש יוצא באנשים ובנשים ובגלוסקמא ובכתף, עד בן שלוש שנים,.. " (ג, ב). ממקור זה מתברר, ללא ספק, שמדובר בארון קבורה קטן ממדים, שהיה נישא על הכתף, ותמונה דומה  מצטיירת גם מן הירושלמי, מועד קטן כד ע"ב, אלא שכאן הארון נישא מצדדיו: "בן שלושים יוצא בדלוסקמא, רבי יהודה אומר לא דלוסקמא הניטלת בכתף אלא הניטלת באגפיים". המסורת על קבורת ר' צדוק ובנו היא היחידה בה הגלוסקמה  משמשת כארון לקבורה שנייה, שלתוכו מלקטים את העצמות.
בחפירות  בנקרופוליס סביב ירושלים התגלו אלפי גלוסקמות אבן. לדעת הכל, השימוש ההמוני בהן הלך והצטמצם לאחר החורבן ועמו פחתה תפוצתן. בקצת מהמערות בירושלים נמצאו מסמרי ברזל ועליהם שרידי עץ, עדות לארונות שהיו ונרקבו. רק באחת מכל מערות הקברים הרבות שנבדקו, נמצאה גלוסקמה של חרס ובכל היתר גלוסקמות אבן בלבד. לאור הממצא, יש מקום להניח, שרק אחר חורבן ירושלים, כשפסקו בתי-המלאכה לייצר גלוסקמות-אבן, החלו משתמשים בארונות עץ וחרס במקום באבן. אחת הסברות היא, גם אם בהעדר ידיעות מפורשות לא ניתן לאשש אותה, שרוב גלוסקמות האבן הותקנו בירושלים וסביבתה בין השנים  40-30 לפנה"ס עד- 135 לספירה ובמיוחד  בימי גדולתה של העיר, עד חורבן הבית.  יש מקום להניח כי רבים מחרשי האבן, שעיצבו את הגלוסקמות, נפלו במלחמה או הוגלו לרומא כעבדים והמעטים, שעלה בידם להישאר ולהמשיך בלימוד המלאכה, חדלו מכך לאחר מרד בר-כוכבא. עובדה אחת ברורה למעלה מכל ספק, לאחר החורבן, השימוש בגלוסקמות אבן הולך ופוחת, עד שהוא נעלם לחלוטין.
כאמור, הממצא הארכיאולוגי אינו מותיר ספק ביחס להיקף השימוש בגלוסקמות-אבן בימי בית שני ולאחריו. לעומתו, כאמור בספרות התלמודית מצויה רק מסורת אחת מפורשת על קבורה שנייה בגלוסקמה בתקופה הסמוכה לחורבן.
עדות נוספת על "ליקוט עצמות" בפני הבית, קשורה להרוגי בית דין. השוואה בין נוסח המשנה והירושלמי מעלה הבדלי סגנון בלבד ומשניהם מתברר, שהיו בירושלים מקומות קבורה מיוחדים עבור הרוגי בית דין. מקום אחד, בעבור אלה שהוצאו להורג בסקילה ושריפה והאחר, למי שהוצאו להורג בסיף או בחנק.
המשנה עוסקת בארבעה נושאים: 1) מקום הקבורה 2) ליקוט העצמות 3) 'טקס מחילה' 4) אנינות.
ירושלמי, סנהדרין פ"ה, כג ע"ב. משנה, סנהדרין ו ה-ו.
I.
ולא היו קוברין אותן בקברות אבותיהן,אלא שני קברות היו מתוקנין לבית דין, אחד
לנסקלין ולנשרפין, ואחד לנהרגין ולנחנקין.
II.נתאכ' הבשר, היו מלקטין את העצמות
וקוברין אותן במקומן.
III.והקרובין באין ושואלין את שלום העדים ואת שלום הדיינין, כלומר, דעו שאין בליבנו
עליכם, שדין אמת דנתם.
IV. ולא היו מתאבלין, אלא אוננים, שאין אנינה אלא בלב. I.אמר רבי מאיר:….
ולא היו קוברין אותו בקברות אבותיו, אלא שני בתי קברות היו מתקנין לבית דין, אחד
לנהרגין ולנחנקין, ואחד לנסקלין ולנשרפין.
II.נתעכל הבשר, מלקטין את העצמות
וקוברין אותן במקומן.
III. והקרובים באים ושואלין בשלום הדינים ובשלום העדים, כלומר, שאין בליבנו עליכם
כלום, שדין אמת דנתם.
IV.ולא היו מתאבלין, אבל אוננין, שאין אנינות אלא בלב.

הרוגי בית דין לא הובלו לקבורה לקברי המשפחה. בתום ביצוע גזר דינם, הם הוטמנו בבתי קברות מיוחדים, שמצויים היו בפיקוחו של בית הדין. בתוספתא, סנהדרין ט ח, נאמר: "ואפילו מלך של מלכים לא היו קוברין אתו בקברות אבתיו אלא בקברות בית דין". רק לאחר שהבשר נתאכל ולוקטו עצמותיהם, הם הועברו לקבורה שנייה, בקברי משפחתם: "ניתעכל הבשר שלוחי בית דין מלקטין העצמות וקוברין אותן בארון" (שם, שם). הליקוט נעשה לא בידי בני המשפחה, אלא בידי 'שלוחי בית-דין' ואין לדעת אם הארון הנזכר הוא גלוסקמת אבן. סביר יותר להניח, שהיה זה ארון עץ, שקל יותר לטלטלו ולהעבירו ממקום למקום.
בתלמוד הבבלי נבחנת סוגיית קבורתם של הרוגי בית-דין, מהיבט שונה לחלוטין. אמוראי בבל מתלבטים בשאלה אם לאחר ביצוע גזר הדין משיג הנידון כפרה על עוונותיו. "תדע דתנן: לא היו קוברין אותו בקברות אבותיו. ואי סלקא דעתך כיון דאיקטול הויא להו כפרה ליקברו, מיתה וקבורה בעינן. מותיב רב אדא בר אהבה: לא היו מתאבלין אלא אוננין שאין אנינות אלא בלב. ואי סלקא דעתך כיון דאיקבור הויא להו כפרה ליאבלו; בעינן נמי עיכול בשר. דיקא נמי דקתני: נתעכל הבשר מלקטין את העצמות וקוברין אותן במקומן, שמע מינה" (בבלי, סנהדרין מז ע"ב).
בראש  הברייתא מצוי הטיעון הבא: יש  צורך  גם במיתה וגם בקבורה כדי להשיג כפרה. מקשה רב אדא בר אהבה: הרי לא מתאבלים על הרוג בית-דין אלא אוננים בלבד. אם קבורתו מזכה אותו בכפרה הרי שצריך להתאבל עליו. יוצא מזה שלא די בקבורה בכדי שיהא ראוי לכפרה, אלא צריך גם שיתעכל הבשר, כמו שנאמר במשנה: "נתעכל הבשר מלקטין את העצמות וקוברין אותן במקומן".
אמוראי בבל אינם עוסקים ב"ליקוט עצמות" מן הבחינה המעשית. המשנה בסנהדרין משמשת עבורם נקודת מוצא לבחינת הסוגייה בתחום שונה לחלוטין, תחום הכפרה. בימי בית שני בית-המקדש היווה "מקום שמכפרים בו עונותיהם של ישראל" (אדר"נ נו"א, פ"ד, מהד' שכטר, עמ' 21). הקורבנות, אליהם נתלוו טקסי תשובה ווידוי, וטקסי יום הכפורים נועדו לכפר על העוונות שבין אדם למקום, אולם בעברות שבין אדם לחברו, עונשי בית-דין היוו את אמצעי הכפרה. יצאו מכלל זה דיני נפשות והנידון, בנוסף לגזר-דין-מוות, נתחייב טרם מותו בווידוי, וכדי להשלים כפרתו ולזכות בחיי עולם הבא היה אומר: "תהא מתתי כפרה על כל עוונותי" (משנה, סנהדרין ו ב). בעקבות חורבן הבית נשתנתה המציאות. מערכת הכפרה, ששימשה את העם דורות רבים, חדלה מלהתקיים ונוצר צורך במציאת דרך כפרה מתאימה. בדור יבנה החלה להתגבש בקרב החכמים תפיסה ייחודית, שראתה במיתה דרך כפרה. בבסיסה של תפיסת הכפרה החדשה, יש להניח, עמד מנהג הווידוי, שנקבע קודם החורבן בידי בית-דין שהיה בסמכותו לדון דיני נפשות. הד מאותם ימים, מצוי בדיון שבבבלי, למרות ריחוקו בזמן ובמקום מזירת ההתרחשות.
לדעתנו, למרות שהברייתא שבבבלי מתייחסת לאיסוף עצמות הפושעים (הרוגי בית-דין), שלא זכו לטיפול נאות ולכאורה אין ללמוד ממנה על ליקוט עצמות בכלל, הרי שהדיון חושף תפיסות ברורות של אמוראי בבל ביחס לחלקן של המיתה והקבורה, ובכללה ליקוט עצמות, כאמצעי כפרה לכל אדם. נראה שהתהייה לגבי גורלם של הרוגי-בית דין נובעת מן התפיסה, שמיתה וקבורה יחד יש בהן כפרה.
עדות נוספת המצביעה לדעתנו, על מנהג ליקוט עצמות, בימי בית שני, מציגה את בני החבורה העוסקים במלאכת הליקוט, כמי שעושים מעשה חסד: "כך היו חבורות עושין בירושלים, אלו לבית האבל ואלו לבית המשתה אלו לשבוע הבן ואלו לליקוט עצמות. לבית האבל ולבית המשתה, בית המשתה קודם; לשבוע הבן ולליקוט עצמות, שבוע הבן קודם, אבל חסידים הראשונים היו מקדימין לבית האבל מלבית המשתה, משום שנאמר טוב ללכת אל בית אבל מלכת אל בית משתה באשר הוא סוף כל האדם והחי יתן אל לבו, ומה תלמוד לומר והחי יתן אל לבו, שכל מי שמהלך אחרי המיטה צריך שיאמר, אני מהלך אחריו של זה" (שמחות יב ד, מהד' היגער, עמ' 195).
כאמור, בעקבות חורבן ירושלים הלך ופחת השימוש בגלוסקמות אבן, אך ליקוט עצמות מתים לא פסק. המשך קיומו של המנהג הביא את חכמי יבנה לעסוק באופן ביצועו ומתברר שלגבי מספר סוגיות נתקיימה ביניהם מחלוקת: 1) זהות המלקט. 2) הטיפול בעצמות. 3) אופן הליקוט ואחסון העצמות. 4) מנהגי אבלות.
זהות המלקט: לאור עדותם של המקורות אותם בחנו מסתבר שעצמות רבי צדוק לא נאספו על-ידי בנו אלא בידי  יוחנן. בירושלים היו 'חבורות' שעסקו בליקוט עצמות, ובבתי הקברות המיוחדים להרוגי בית-דין היו אלה שלוחי בית-דין שעסקו בליקוט עצמות.
בדור יבנה ליקוט עצמות היה לחובה שנתחייב בה כל אדם, לפחות ביחס לבני משפחתו. ברוב המקרים הבן היה זה שקבר את אביו או את אמו ועלתה השאלה, כלום חייב הוא עצמו ללקוט עצמותיהם ולהביאם לקבורה שנייה: "כל העצמות אדם מלקט חוץ מעצמות אביו ואמו: דברי רבי יוחנן בן נורי, ורבי עקיבא אומר: אחד אלו ואחד אלו אדם מלקט" (שמחות, יב ז, מהד' היגער, עמ' 196). ר' יוחנן בן נורי מוסר את הדעה, שאסור לבן ללקט עצמות הוריו. אפשר ודעתו משקפת את הדרך בה נהגו בימי בית שני, אך ייתכן שהמחלוקת בינו לבין ר"ע, נובעת ממנהגי הקבורה השונים שהיו בגליל וביהודה. במקומות אחדים חלוקים השניים, כאשר רבי עקיבא מייצג את המסורת ביהודה ור' יוחנן את זאת שבגליל, בדומה לנאמר בירושלמי: "הרי ראש השנה ויום הכפורים ביהודה נהגו כרבי עקיבא ובגליל כרבי יוחנן בן נורי". (ראש השנה פ"ד, כט ע"ג). במקרה דנן, רבי עקיבא אינו מוצא כל הבדל בין עצמות ההורים לעצמות אחרות ולכן יכול הבן ללקט עצמות הוריו. חיזוק לגישתו של ר"ע מצויה במסכת שמחות ב יא, מהד' היגער, עמ' 108: "מי שהיה בעלה צלוב עמה בעיר, אשתו צלובה עמו בעיר, אביו ואמו צלובין עמו בעיר, לא ישרה באותה העיר אלא אם כן היתה עיר גדולה כאנטיוכיא, לא ישרה בצד זה אבל ישרה בצד אחר. עד מתי הוא אסור, עד שיכלה הבשר ואין הצורה ניכרת בעצמותיו". בשעה שכלה הבשר, ואין מזהים עוד במי מדובר אין איסור התבוננות בשלד ובדומה לכך במהלך ליקוט עצמות.
מן המקורות מתברר, שהקברנים, במאות השנייה והשלישית לספירה, בתוקף עיסוקם ליקטו עצמות: "..אבא שאול אומר: קובר מתים הייתי והייתי מסתכל בעצמות של מתים" (בבלי, נדה כד ע"ב). במדרש בראשית רבה (פט, מהד' תיאודור-אלבק, עמ' 1087), נזכר מפורשות מלקט עצמות: "מלקט עצמות אחד היה בציפורין...בשעה שהיה רואה עצמות שחורות א' אילו שלשותה מים, אדומות היה א' אילו שלשותה יין, לבנות היה א' אילו שלשותה חמים".
הטיפול בעצמות: ר' אלעזר בן רבי צדוק, לאחר שלוקטו עצמות אביו, מפזר עליהם ספירין יבישין. לצד מנהג זה התקיימו מנהגים נוספים: "מרביצין עליהן יין ושמן דברי רבי עקיבא, רבי שמעון בן ננס אומר שמן ולא יין, מפני שהיין נודף, וחכמים אומרים לא שמן ולא יין, מפני שמרבין עליהן את הדירה, אבל נותנין עליהן ספירין יבישין" (שמחות יב ט, מהד' היגער, עמ' 197).
אופן הליקוט והאיחסון: ראינו לעיל, כי יוחנן נכנס למקום הקבורה אסף וכיסה את עצמות רבי צדוק באפיקריסין, מעין סדין, ולאחר מכן העבירן לגלוסקמה. ליקוט עצמות באפיקריסין נבחן בברייתא הבאה: "מלקט אדם עצמות שני מתים כאחת, ונותן אלו בראש אפיקריסין מכאן, ואלו בראש אפיקריסין מכאן: דברי יוחנן בן נורי, ורבי עקיבא אומר: סוף אפיקריסין להתאכל, וסוף עצמות להתערב, אבל מלקטן ונותנן בארזים" (שמחות יב ח, מהד' היגער, עמ' 197-196). לדעת ר' יוחנן בן נורי, ניתן ללקט עצמותיהם של שני מתים באותה יריעת בד. מתשובת ר"ע ניתן להבין, כי ר' יוחנן בן נורי ראה באפיקריסין, מקום אחסון אחרון לעצמות, כאשר אלה הונחו בכוך. לכן, בתשובתו הוא אומר: הבד עתיד להתפורר ועצמות השניים יתערבבו. אי לכך, מן הראוי להניח עצמות כל מת ומת בנפרד בתיבת עץ - ב'ארזים'. דברי ר"ע עולים בקנה אחד עם דברי התנא קמא בשמחות יג ח, מהד' היגער, עמ' 203 : "אין קוברין שני מתים זה בצד זה ולא את המת בצד העצמות ולא את העצמות בצד המת. רבי יהודה אומר כל הישן עמו בחייו, נקבר עמו במותו". מסורת זו אינה עוסקת בקבורה שנייה בלבד אך ייתכן ששני שלבי הקבורה, ראשונה ושנייה, נזכרים בה. מכל מקום לדעת רבי יהודה, אנשים מסוימים ניתן לקבור יחד, בין בקבורה ראשונה ובין בקבורה שנייה, והממצא הארכיאולוגי מאשר שנהגו כך. בגלוסקמות  רבות מצאו יותר משלד אחד ולפעמים נחו יחד חלקי עצמותיהם של שני שלדים. אין ספק שדרישת רבי עקיבא לקבורה שנייה אינדיבידואלית לא נשמרה באופן מוחלט ובמקרים רבים מצאו מנוחה אחרונה, זה לצד זה, בני אותה משפחה בארון אחד.
דברי רבי עקיבא מכוונים לקבורה בארזים - גלוסקמת עץ, אולם  דברי ר' יוחנן בן נורי אינם מלמדים על קבורה כזו. ייתכן ולפנינו עדות על קבורה שנייה שלא בגלוסקמות, שאף היא היתה נהוגה כפי שמעיד המקור הבא: "המוצא עצמות בקבר הרי זה נותנן בקמורות דברי רבי עקיבא, וחכמים אומרים לא יזיזם ממקומם. מצאן בכוך, או באיסטרון, לא יזיזם ממקומם" (שמחות יג ו, מהד' היגער, עמ' 202). מהברייתא מצטייר חלל מערת הקבורה אשר בקירותיה חצובים מקמורות, כוכים וגומחות. העצמות הנזכרות בברייתא הן כנראה אלה שנותרו לאחר הקבורה הראשונה ב'בקיע'(=ביקעה) ועדיין לא זכו לקבורה שנייה. ר"ע סבור לעומת חכמים, שיש להעבירן אל תוך כוך במקמורה. דבריו כאן תואמים לגישתו, שיש להביא לקבורה שנייה עצמות כל אדם בנפרד מעצמות אחרות. על-כל-פנים לדעת שניהם עצמות שזכו לקבורה שנייה בכוך או איסטרון אין להזיזם.
ייתכן והתנגדותם של חכמים להזיז את עצמות המת ממקומם קשורה לפינוי המת או עצמותיו לקבר אחר. נושא שנידון בברייתא שבירושלמי ובמסכת שמחות:
שמחות יג ז, מהד' היגער, עמ' 203.
אין מפנין לא את המת, ולא את העצמות ממקום בזוי למקום מכובד, ואין צריך לומר ממקום מכובד למקום בזוי;
ובתוך שלו, אפילו ממקום מכובד למקום בזוי הרי זה מותר, שכן הוא כבודו. ירושלמי מו"ק, פ"ב, פא ע"ב.
אין מפנין את המת ואת העצמו' מקבר מכובד למכובד, ולא מבזוי לבזוי. ולא מבזוי למכובד. אין צורך לומר מן המכוב' לבזוי.
ובתוך שלו, אפי' מן המכובד לבזוי ערב הוא לאדם שהוא נינוח אצל אבותיו.
חז"ל הבחינו בין פינוי המת/ עצמותיו. כלומר, העברה מקבר אחד למשנהו, לבין הזזת המת/ עצמותיו בתוך חדר הקבורה המשפחתי. הפינוי נאסר בתכלית האיסור. לעומת זאת, בחדר הקבורה המשפחתי התירו לשנות מקום. אין ספק כי הדברים כאן עומדים בסתירה לדברי חכמים בשמחות יג ו: "לא יזיזם ממקומם". דומה שהפתרון מצוי ברישא "המוצא עצמות" כלומר, מי שאינו יודע מהי זהות הנקברים במקום ואינו יודע אם לפניו קבר משפחה מובהק. במקרה כזה אסורות העצמות בהזזה. לעומתם, רבי עקיבא כנראה סובר, שבחדר קבורה אחד קרוב לוודאי, קבורים בני אותה משפחה ולכן מתיר. רק במקרה מסוים ניתן התר לפינוי המת: "המוצא מת בקבר, לא יזיזנו ממקומו, אלא אם כן יודע שהיה מקומו שאול לו" (שמחות יג ה, מהד' היגער, עמ' 202). קבר שאול הוא קבר זמני אשר אינו מקנה למת זכות קניין על הקבר. מכיוון שלעיתים נפטרו בני-אדם במרחק ממקום מגוריהם ולא ניתן היה לקברם בקבר המשפחה, מקום קבורתם הזמני נקרא 'קבר שאול' ולכן ניתן ההיתר 'להזיזו' כלומר לפנותו. עדות על קבורה בקבר שאול מצוי בברייתא הבאה: "רבי שמעון בן אלעזר אומר: קבר שאול היה לו לרבן גמליאל ביבנה, שהיו מכניסין את המת לתוכו....ואחר כך מעלין אותו לירושלים" (שמחות י ח, מהד' היגער, עמ' 182). קרוב לודאי שברייתא זו משקפת את המציאות בימים הסמוכים לחורבן בית שני כאשר משפחת רבן גמליאל שהשתקעה ביבנה, עדיין המשיכה לקבור את מתיה במערת הקבורה המשפחתית בירושלים. מן הברייתא ברור שהקבורה בקבר השאול נחשבה מלכתחילה כזמנית, אולם הביטוי "אחר-כך מעלין אותו לירושלים" אינו מבהיר מהי תקופת הזמן בו שהה הנפטר בקברו הזמני. לדעתנו, סביר להניח, שהעברת המת התקיימה לאחר כיליון הבשר, ועצמותיו, הן אלה, שהועברו לקבורה שנייה.
ראינו לעיל, כי זה לצד זה, נהגו אופני קבורה שנייה שונים. יש וקברו את עצמות המתים לאחר שנאספו ביריעת בד - אפיקריסין והניחום בכוכים. היו שהניחו אותן בגלוסקמות עץ או אבן. על קבורה שנייה בארון עץ אנו שומעים בירושלמי, מועד קטן פ"א, פ ע"ג: "בראשונה היו קוברין אותן במהמורות. נתאכל הבשר היו מלקטין את העצמות וקוברין אותן ברזים". לפנינו שני שלבי קבורה: הראשונה - במהמורות (בקיע/ נברכת); השנייה - בארון עץ. במקום ארון יש ומופיעים ואריאנטים שונים של המלה ארזים, כגון: רזים, ארזון ועוד. לדעת חוקרים ארונות הקבורה, בחלקם, נעשו מעץ ארז וזה כנראה, מקור המונח.
מנהגי אבלות: משנכנס ר' אלעזר בן רבי צדוק, למערת הקבורה, בתום ליקוט עצמות אביו, 'קרע עליהן', בהתאם לנהוג: "כל שקורעין עליו בשעת מיתתו, קורעין עליו בשעת ליקוט עצמות; וכל שאינו מתאחה בשעת מתתו, אינו מתאחה בשעת ליקוט עצמות" (שמחות, יב ג, מהד' היגער, עמ' 195-194).
קיום מנהגי אבלות החל לאחר שנסתם הגולל ונמשך חודש ימים. ליקוט עצמות לא חייב חזרה על כל הטקסים, אלא על חלק מן המנהגים שקוימו פעם נוספת וביניהם מנהג ה'קריעה'. במסכת שמחות ובברייתא שבירושלמי, נזכר זמן הליקוט ומנהגי האבלות הנהוגים:
ירושלמי, סנהדרין פ"ו, כג ע"ד.
אי זהו ליקוט עצמות? המלקט עצם עצם משיתאכל הבשר. 
תני: ליקוט עצמות אין אומר עליהן קינים ונהי, ולא ברכת אבלים, ולא תנחומי אבלים. אילו הן ברכ' אבילי'? שאומרים בבית הכנסת.  אילו הן תנחומי אבלים? שהן אומרי' בשורה.
תני: אבל אומר עליהן דברים. מה הן דברים? רבנן דקיסרין אמרין קילוסין. שמחות יב ד, מהד' היגער, עמ' 195.
ליקוט עצמות אינו אלא יום אחד בלבד, לפיכך אינו מלקטן אלא עם חשיכה. ליקטן כל אותו היום וחשכה, מותר באותו יום של אחריו.
ואין עומדין בשורה עליהן, ואין אומרין ברכת אבלים עליהן, ולא תנחומי אבלים עליהן,
אבל אומרין עליהן תנחומין לעצמן.
ואין עולין עליהן בחבר עיר, אבל מברין עליהן בתוך ביתו של אבל.
רבי שמעון בן אלעזר אומר: ביום שוכב על מיטות כפויות, חשכה הרי זה זוקפן.
ליקוט עצמות נמשך יום אחד בלבד ובמידה וחרג מתחומו של יום, אין חלים על 'המלקט' (סביר להניח שהכוונה לבן המשפחה שלפי הנאמר בבריתות הוא גם המלקט) מנהגי אבלות ביום שלאחריו. משני המקורות מתברר, שאין אומרים לא ברכת אבלים ולא תנחומי אבלים אבל אומרים דברי קילוסין או בלשון הברייתא בשמחות 'תנחומין לעצמן'. הברייתא בשמחות מוסיפה על הירושלמי, ש'חבר עיר', אותו גוף ציבורי, שנזכר בהלכה בזיקה לתפילה בציבור (בייחוד בימי חג ומועד), בענייני צדקה וחלוקת פרות שביעית ובענייני תנחומי אבלים, אינו נוטל חלק, במקרה זה, בסעודת ההבראה שהיו מקיימים ברוב עם לאחר הקבורה ונהגו לקיים סעודה בבית האבל והיו כופין את המיטות למשך אותו היום.
התרים מיוחדים: החכמים ראו בליקוט עצמות מצווה ולכן העוסק בליקוטן פטור מקיומן של מצוות אחרות: "המלקט עצמות והמשמר עצמות פטור מקרית שמע, ומן התפילה, ומן התפילין, ומכל מצות האמורות בתורה, ואם רצה להחמיר על עצמו לא יחמיר, מפני כבוד עצמות. רבי יוחנן בן נורי אומר: ירחיק ארבע אמות ויקרא. רבי שמעון בן אלעזר אומר: אם היו עמו בספינה בצד אחד מסלקן לצד אחר ויקרא. רבי יצחק אומר: של קרובים פטור ושל אחרים חייב. רבי שמעון אומר: בשבת חייב בחול פטור. רבי נתן אומר: אם יש חבילתו עליו הרי זה פטור, שזיקת שמירתן עליו ולא זיקת החבילה" (שמחות יג א, מהד' היגער, עמ' 201-100). שני עניינים נזכרים בברייתא: א) ליקוט עצמות ב) שמירת עצמות והעוסק בשניהם פטור ממצוות אחרות. יתרה על-כך, מי שביקש לקיים בזמן הליקוט מצווה נוספת, אל לו לעשות כן מפני 'כבוד העצמות'. בהמשכה של הברייתא נשמעות דעות שונות ביחס לסוגייה, אולם הדברים מכוונים לשמירת עצמות ולאו דווקא לליקוטן.
מצוות ליקוט עצמות והבאתן לקבורה שנייה, יצרה מצבים בהם נאלצו קרובי משפחה להעביר עצמות מתיהם ממקום למקום, מקבר אחד למשנהו. בחלק מן המקרים, הועברו העצמות בספינה ולאורך הדרך חובת שמירתן חלה על המוביל. מכיוון שזאת מצווה היו פטורים מקיומן של מצוות אחרות, עד שהגיעו העצמות לתעודתן. העברת עצמות הובילה ליצירת כללים: "המעביר עצמות וכתבי קודש ממקום למקום, לא ינחם לא בקרון ולא בספינה ולא על גבי בהמה ויושב עליהן, ואם בשביל הניית עצמות או בשביל שיגנב את המכס, הרי זה מותר" (שמחות יג ב, מהד' היגער, עמ' 201). איסור ישיבה על גבי העצמות, בכל אמצעי ההובלה של אותם ימים, נבעה מחובת שמירת 'כבוד העצמות' ורק במקרים מיוחדים, בהם נשקפה סכנה לעצמות עצמן בטלו את האיסור. בבבלי נזכרת הובלת עצמות על גבי חמור: "ת"ר המוליך עצמות ממקום למקום הרי זה לא יתנם בדסקיא ויתנם על גבי חמור וירכב עליהם מפני שנוהג בהם מנהג בזיון, ואם הוא מתירא מפני נכרים ומפני לסטים מותר. וכדרך שאמרו בעצמות כך אמרו בספר תורה..." (בבלי, ברכות יח ע"א). אופן נשיאתם מוסבר בירושלמי, ברכות פ"ג, ו ע"ד: "דייסקי שהיא מליאה ספרים או שהיו בתוכה עצמו' המת הרי זה מפשילן מאחוריו ורוכב". העצמות הונחו בשק, לצד החמור ועל הרוכב נאסר, בתכלית האיסור, לשבת על השק משום 'בזיון' עצמות. רק במקרים של סכנה מותר היה לחרוג מכך. מן הראוי לציין, שהברייתא שבבבלי, אינה תולה את איסור הרכיבה על-גבי העצמות בדיני טומאה אלא מדגישה שהמדובר ב'ביזיון'.
ליקוט עצמות והובלת עצמות מתים היו כרוכים בקבלת טומאה. כאמור לעיל, היטהרות מטומאת מתים חייבה בטבילה ובהזאה. אין ספק, כי דיני טומאה וטהרה מנעו ממי שנטמא לקחת חלק בפעילויות שעניינן מקדש וקדשים. מסתבר, שחכמים ביקשו לצמצם את טווח הזמן בו אדם נחשב  לטמא בעקבות ליקוט עצמות. "השומע על מתו, והמלקט לו עצמות, טובל ואוכל את פסחו לערב" (משנה, פסחים ח ח). על הטמא נאסר הפסח, שכן קורבן הפסח נאכל אך ורק בטהרה. אולם החכמים התירו למי שליקט עצמות לטבול, עוד באותו יום, מבלי להמתין שבעה ימים, ולאכול פסחו עם ערב. התר זה משתמע גם מן האמור במסכת שמחות, שם הקבילו בין יום שמועה ליום ליקוט עצמות בנושא אכילת הקדשים ונקבע: "אלו ואלו אוכלין קדשים לערב" (שמחות יב א, מהד' היגער, עמ' 193).
קבורה במערות כוכים ובמיוחד ליקוט עצמות וקבורה שנייה, בין בגלוסקמות-אבן ובין בארונות עץ או כוכים, מהווים ביטוי ברור לשינוי בדרכי הקבורה, שחלו בימי בית שני. שינוי זה קשור, כך אנו משערים, בשינוי שנתחולל במחשבה אודות גורל האדם לאחר מותו: באמונה בתחיית מתים. הממצא הארכיאולוגי מלמד על המציאות החומרית אך אינו מסביר אותה ובהעדרה של ספרות כתובה מימי בית שני שעוסקת בליקוט עצמות אין באפשרותינו לקבוע, חד-משמעית, מהו מקור המנהג.
יחד עם זאת, מן הספרות התלמודית ברור, שמאז דור יבנה, התייחסו חז"ל למנהג ליקוט העצמות כאל מנהג שהכל נוהגים לקיימו. ממקומות אחדים מתברר כיצד הבינו או הסבירו את קיומו ונראה שההסבר משתלב בתפיסתם את  המוות בדורות שלאחר החורבן.
המשנה במסכת מועד קטן עוסקת, בין היתר, במנהגי קבורה, אבלות וליקוט עצמות, שניתן או אסור לקיימם בזמן המועד. מתברר שליקוט עצמות במועד מותר: "...ועוד אמר רבי מאיר: מלקט אדם עצמות אביו ואמו, מפני ששמחה היא לו" (משנה, מו"ק א ה). במועדים חייב אדם להיות שמח, אך מכיוון שהאבלות כרוכה בצער ביקשו החכמים לצמצם את פרק הזמן  בו מתקיימים מנהגי האבלות, במידה וקיימת חפיפה בין השניים, ואסרו קיומם של מנהגי אבלות שונים קודם המועד ובמהלכו. לדעת ר' מאיר, אין כל מניעה בפני אדם ללקט עצמות הוריו במועד וברור מדבריו שהמלקט הוא הבן בעצמו והליקוט, למעשה, מהווה עבורו שמחה. מהות השמחה מתבהרת בברייתא שבירושלמי: "ועוד א"ר מאיר מלקט אדם עצמות אביו ואמו מפני ששמחה היא לו..... אותו היום היה מתאבל ולמחר היה שמח לומר שנינוחו אבותיו מן הדין" (ירושלמי, מועד קטן פ"א, פ ע"ג). אליבא דרבי מאיר, שמחת המועד לא נפגמה בשל המשמעות שייחסו למעשה הליקוט: ש"נינוחו אבותיו מן הדין".
אותם דברים ממש מצויים גם במסכת סנהדרין שבירושלמי אולם שם הם אינם מיוחסים לרבי מאיר ולא נאמרים בנוגע לליקוט עצמות סתם, אלא בליקוט עצמותיהם של הרוגי בית-דין: "נתאכל הבשר היו מלקטין אותן וקוברין אותן בארזים. אותו היום מתאבל ולמחר היה שמח, לומר: שיניחוהו אבותי מן הדין. ולא עוד אלא היו קוברין אותן בפני עצמן. הנסקלין בנשרפין. והנהרגין בנחנקין" ( מו"ק, פ"ו, כג ע"ד) . ניתן להבין מן הברייתא, שבני הנידונים ראו ביום ליקוט עצמות הוריהם יום שמחה, מפני שהם הועברו מבתי הקברות המיוחדים של בית הדין, למנוחת עולם בקברי המשפחה. אי לכך יכלו לומר: "שיניחוהו אבותי מן הדין" כלומר מגזר הדין, שלא רק דן אותם למוות אלא גם לקבורה שלא בקבר המשפחה. אם מניחים אנו, שבראשונה בימי הבית, נאמרו הדברים רק ביחס להרוגי בית-דין, על-ידי בניהם של הנידונים, סביר להניח שלאחר החורבן, חל שינוי  ומדברי  רבי מאיר עולה, שמעתה הם מתייחסים לכולם בלי יוצא מן הכלל, לכל מי שעצמותיו לוקטו והובא למנוחת עולם.
ראינו לעיל, שהברייתא בבבלי (סנהדרין מז ע"ב) דנה בשאלה, אם הרוגי בית-דין זכאים לכפרה. זכאות זו נבחנת בהתאם לעקרון מן הכלל אל הפרט. כלומר, הרעיון שמיתה וקבורה יש בהם כפרה, היה מוכר  לאמוראי בבל והם ביקשו להחילו על הרוגי בית-דין. רב אדא בר אהבה, בכדי לאשש דבריו, מביא את  דברי המשנה, שיש צורך גם בעיכול הבשר ולא די בקבורה בלבד בכדי שהכפרה תושג.
הצורך באמצעים שיאפשרו כפרה בהעדר מקדש, הביא את חכמי יבנה, לגיבושה של מערכת בת ארבעה שלבים: 'ארבעת חילוקי כפרה' והשלב הרביעי והאחרון שבה הוא המוות. המיתה אומנם צפויה לכל אדם, אך היא טומנת בחובה כפרה בכוח וכל אדם יכול להפוך את שעת מיתתו לשעת כפרה בפועל. כוחו המכפר של המוות בא גם בשל הייסורים שבדרך כלל מלווים את המיתה, שנתפסים כייסורי כפרה וכאות לכך ששערי שמים נפתחים לפני הנפטר. תפיסה זו לא נתקבלה מיד על-ידי כלל החכמים ולמעשה זכתה בהכרה רק בימי רבי יהודה הנשיא ונקבע "שיום המיתה מכפר" (מכילתא יתרו מסכתא דבחדש פ"ז).
הדעת נותנת, כי הרעיון שיש במיתה  כפרה, הוביל לכך שהקבורה נכללה באותה תפיסת עולם. חז"ל לא הפרידו בין גוף לנפש וראו באדם יחידה אחת גם לאחר מותו. ביטוי לקשר שמתקיים בין הנפש וגופת הנפטר מצוי בספרות התלמודית בכמה וכמה מקומות. על-פי תפיסה אחת, מסרבת הנפש להפרד מגופתה ומרחפת מעליה שלושה ימים: "כל תלתא יומין נפשא טייסא על גופא סבורה דביא חזרה לגביה" (ירושלמי, מו"ק פ"ג, פב ע"ב). לדעת רב חסדא: "נפשו של אדם מתאבלת עליו כל שבעה, שנא' ונפשו עליו תאבל וגו'" (בבלי, שבת קנב ע"א). רבי אבהו, לעומתם, סובר: "כל י"ב חודש גופו קיים ונשמתו עולה ויורדת, לאחר י"ב חודש הגוף בטל ונשמתו עולה ושוב אינה יורדת" (בבלי, שבת קנב ע"ב). לדעת חכמים נמשכים הייסורים גם לאחר המוות: "ואמר רבי יצחק: קשה רימה למת כמחט בבשר החי, שנאמר,'אך בשרו עליו יכאב' (קהלת יג)" (בבלי, שבת קנב ע"א). נראה שבתהליכי התפרקות הגופה ראו חכמים המשך לייסורים, שיש בכוחם לסייע בקבלת כפרה במידה וייסורי המיתה עצמם לא הועילו ודרשו: "מיתה וקבורה בעינן" (בבלי, סנהדרין מז ע"ב).
רבי מאיר רואה בליקוט העצמות ביטוי לכך ש"נינוחו אבותיו מן הדין". הדין, אם כן, אינו דין בשר ודם אלא משפטו של הקב"ה. באמונה בגורל הנשמות לאחר המוות חלו שינויים מימי התנאים ועד לדורות האחרונים של האמוראים, אך תמימות דעים קיימת בין כולם לעצם העובדה שהנשמות נשפטות משפט צדק ושצדיקים ורשעים זוכים בגמולם. לדעת רבי עקיבא, נידונים הרשעים בגיהנום במשך שנים-עשר חודש: "...משפט רשעים בגיהנם שנים עשר חדש, שנאמר: 'והיה מדי חדש בחדשו' (ישעיה סו, כג)" (משנה, עדויות ב י). מן התוספתא מתברר, שנידוני הגיהנום נידונים בגופם ממש: "פושעי ישראל בגופן פושעי אומות העולם בגופן יורדין לגיהנם ונידונין בה שנים עשר חודש ולאחר שנים עשר חודש נפשותן כלה וגופן נשרף וגיהנם פולטתו ונעשין אפר והרוח זורה אותן ומפזרתן תחת כפות רגלי הצדיקים" (תוספתא, סנהדרין יג ד). חז"ל מרחיבים מאוד בתיאור גורל הרשעים אולם ניתן להבין מדבריהם שגם מי שלא נכללו על קבוצה זו נשפטים בגופם: "...הקב"ה על גופן של צדיקים אומר: 'יבא שלום ינוחו על משכבותם',... על גופן של רשעים הוא אומר: 'אין שלום אמר ה' לרשעים'" (בבלי, שבת קנב ע"ב). בהמשכה של אותה ברייתא מתברר גורלם של בינוניים ועל-כך משיב רב שמואל: "אלו ואלו לדומה נמסרין, הללו יש להן מנוח הללו אין להן מנוח" (שם, שם).
תפיסת החכמים את המוות, לאחר החורבן, מאפשרת לנו להבין את דברי רבי מאיר: "מלקט אדם עצמות אביו ואמו מפני ששמחה היא לו". לפי תפיסה זו, במשך שנים עשר חודשים, נערך משפט הנשמות ורק בתום פרק זמן זה הן זוכות  למנוח. הגישה המוניסטית אינה מפרידה בין גוף ונפש. אי לכך, הנשפטים נידונים בנפשם ובגופם כאחד. במשך כל אותו הזמן נשמר הקשר בין נפש המת וגופתו. ייסורי הגוף, הרימה והרקב יש בהם לסייע בכפרת עוונותיו. לכן רק משכלה הבשר מן הגוף ולוקטו עצמות הנפטר ניתן היה לומר: "נינוחו אבותיו מן הדין". נראה אפוא שגם אם לא נאמר הדבר מפורשות יש בליקוט עצמות משום כפרה. מכאן, הרי לפנינו אקט דתי באמצעותו ניתן להבין שהנפטר אכן זכה בכפרה.
העדות הארכיאולוגית מלמדת, שמנהג ליקוט עצמות היה חלק  בלתי נפרד מדרך הקבורה היהודית לפחות עד סוף המאה השלישית. בכל מערות הקבורה המשפחתיות כמו גם בציבוריות נמצאו כוכים לקבורה משנית ושרידי ארונות עץ קטנים, בהם הונחו העצמות המלוקטות. משרידי השלדים שבמקמורות מתברר שגם קברי שוקת, שנועדו לקבורה ראשונה, שימשו לפעמים לקבורה שנייה ואפילו ארונות קבורה מאבן, סרקופגים, יש ושימשו כמקום אחסון אחרון לעצמות מלוקטות.
במאה הרביעית לספירה, חל שינוי מהותי באופן הקבורה בקרב יהודי ארץ-ישראל וליקוט העצמות פסק. יש המבקשים לראות את הפסקת ליקוט העצמות באימוץ המנהג, בדרך מסוימת, בידי הנוצרים. מאז אמצע המאה השנייה לספירה מתחיל בנצרות פולחן קדושים, המרטירים, שמסרו את נפשם על מזבח אמונתם. במסגרת הפולחן החלו באיסוף שרידיהם  (reliquia)'רליקות' ובכללם גם עצמות, אשר לוקטו והונחו בגלוסקמות קטנות. היהודים שללו מנהג זה ועדות לכך מצויה בפיוטי ינאי, מן המאה השישית לספירה, שנתגלו בגניזת קהיר. הפיוטים מגנים בכל לשון את כל מי שיעז בעתיד לילקוט עצמות מתים ואינם מותירים מקום לספק באשר ליחסם לתופעה. סביר להניח, שבפיוטים נשמעת ביקורת על המנהג הנוצרי כי ליקוט עצמות קדושים רווח מאוד באותם ימים והיהודים ראוהו בתעוב. לדעתנו, נראה, שהגינוי החריף בפיוטי ינאי עשוי להעיד על-כך שבמאה השישית ראו בו היהודים מנהג זר אך אין הוא יכול להעיד על הסיבה להפסקת הקבורה השנייה במאה הרביעית לספירה.         
לפחות שלוש מאות שנה כבר חלפו מאז ראו במעשה ליקוט העצמות סימן לכך שעוונותיו של המת נתכפרו ונשמתו זכתה במנוחת עולם. קרוב למאתיים שנה חלפו מאז שהפסיקו היהודים, ככל הנראה, לקיים מנהג זה.
אם את ראשיתו של מנהג ליקוט עצמות כורכים אנו במחשבה קרי באמונה בתחיית מתים נראה שיש טעם לראות את היעלמותו בשינוי שחל באותם ימים במחשבת חז"ל, באמונה בנוגע לחיים שלאחר המוות, שינוי שראשיתו בימים שלאחר כשלון מרד בר-כוכבא.
כאמור, ליקוט עצמות קשור לאמונה בתחיית מתים ובכפרת עוונות. האמונה בשני אלה אינה מופיעה יחד בעת ובעונה אחת. ככל הנראה, כבר במאה השנייה לפסה"נ, מובילה האמונה בתחיית המתים לשינוי בדרכי הקבורה והנפטר זוכה  לקבורה בארון מתים או בכוך, וזו עבורו הקבורה הראשונה. הקבורה השנייה נערכת משכלה הבשר מן הגוף, והעצמות נאספות ומונחות למשמרת עולם בגלוסקמה או בכוך. העדות על ליקוט עצמות בחברה היהודית קיימת כבר בימי בית שני, בשעה שהוויכוח על תחיית המתים בין הפרושים לצדוקים מתקיים במלוא עוזו. כנגד לגלוגם של צדוקים שטענו: "מסורת היא ביד פרושים שהן מצערין עצמן בעולם הזה ובעולם הבא אין להן כלום" (אדר"נ נו"א פ"ה, מהד' שכטר, עמ' 26) מתגבשת תגובת החכמים: "ואלו שאין להם חלק לעולם הבא: האומר: אין תחיית המתים מן התורה, ואין תורה מן השמים, ואפיקורוס" (משנה, סנהדרין י א). התורה, בסיס קיומו של עם ישראל, נכרכת בנשימה אחת עם תחיית מתים וכך נוצרת זהות בין השניים.
האמונה,  מאז ראשית קיומו של עם ישראל, באה לידי ביטוי בחוקי המקרא ובקיום המצוות. בתקופות מאוחרות יותר, החכמים, יוצרי ההלכות, קובעים דפוסי התנהגות שאמורים לחייב כל יחיד בחברה. אי-לכך, סביר להניח, כי האמונה בתחיית מתים, בשעה שנתקבלה על-ידי הפרושים, השפיעה על דרכי הקבורה שעוצבו בהתאם. אופן הטמנת הגופה, ובמיוחד ליקוט עצמותיה בנפרד מעצמות אחרות, נועדו לשמש לה סימן ועדות.
בין השנים 40-30 לפסה"נ השימוש בגלוסקמות-אבן הופך חזון נפרץ. יהודים ברחבי ארץ-ישראל קוברים מתיהם במערות כוכים ולאחר זמן מלקטים ומאחסנים עצמותיהם. דרך קבורה זו נמשכת ללא הפרעה עד חורבן הבית השני ואופיינית לרוב בני העם.
בשנת  70 לספירה, בעקבות כשלון המרד וחורבן הבית, חלו  שינויים ניכרים במבנה החברה היהודית. הצדוקים, מעמודי התווך של העילית החברתית, איבדו כוחם וחדלו מלהתקיים. מאידך גיסא, המשבר שפקד את העם, מוביל ליצירתן ועיצובן של מסורות ישנות-חדשות  בהנהגת החכמים. הדי הוויכוח על האמונה בתחיית מתים נשתמרו בספרות התלמודית זעיר פה זעיר שם, אך ככלל, אמונה זו הופכת לחלק בלתי נפרד מן האמונה היהודית ולאחד מנדבכיה. מנהגי הקבורה, שנהגו בהם בפני הבית מתקיימים גם לאחר החורבן ללא שינוי ניכר וגם אם  השימוש בגלוסקמות-אבן פוחת וכמעט נעלם ליקוט עצמות ממשיך ומתקיים.
מאז דור יבנה העיסוק במשמעות המוות ובתכליתו תופס מקום מרכזי במחשבת חז"ל. תפיסת המוות שני פנים לה: עיוני ומעשי. הראשונה מבקשת להבין כיצד באה מיתה לעולם ומדוע נידונים בני אדם למות. השנייה עניינה טיפול בנפטר: בגוויה ובקבורה.
בהעדר מקדש, מתגבשות דרכי-כפרה חלופיות ובהן למיתה מקום רב חשיבות. הן המוות והן הקבורה משמשים אמצעי להשגת כפרת עוונות. ליקוט העצמות מסמל את סיומו של התהליך שמתמשך כשנה ובמהלכו נידון הנפטר בגופו ובנפשו עד שהוא מגיע אל המנוחה המיוחלת. ליקוט עצמות הופך ממנהג שמסמל תחיית מתים אינדיבידואלית לסמן שיש בו להעיד כי "נינוחו אבותיו מן הדין".
האמונה בתחיית מתים קשורה הדוקות בתפיסת עולם אסכטולוגית. תחיית מתים היא ביטוי אחד מתוך מכלול של שינויים שבעקבותיהם תשתנה המציאות עלי-אדמות מהותית. מציאות זו צריכה למצוא ביטויה במשטר צודק ובאורחות חיים בהתאם לחוקי האל.
כינונה של הממלכה החשמונאית, עורר בליבותיהם של רבים את המחשבה שלפניהם ראשית הגאולה. בעקבות הכיבוש הרומי, הציפייה לגאולה הלכה ונתחזקה, גבר הרצון לראות בביטולה של מלכות הרשע ובכינונה של מלכות האלהים. המתח האסכטולוגי העצים את התחושה שהדברים יתרחשו מיידית. בחברה, שחייה מתקיימים בצילה של תחושת שינוי קוסמית קרובה ליקוט עצמות מתים, כך סביר להניח, היה בעל משמעות ממשית ומעשית, מתוך מחשבה שתחיית מתים תתרחש מיידית.
חורבן הבית לא הביא לשינוי ממשי באותה תפיסת עולם. נהפוך הוא, שינוי אורחות החיים נעשה מתוך מחשבה, שהשינוי זמני בלבד  ו'במהרה יבנה המקדש' ותחודש חירות ישראל. רק בעקבות כשלון מרד בר-כוכבא נהפכה הקערה על-פיה. תוצאותיו האיומות חייבו את החכמים לדחות את הציפיות המשיחיות ואת הגאולה. שינויים במחשבה אינם מתחוללים ביום אחד אולם מדברי האמוראים במאות השלישית והרביעית  מסתבר שהגאולה הופכת לגאולה אסכטולוגית ונדחית לקץ הימים. תחושת הבהילות של שינוי קוסמי מיידי מפנה את מקומה לאמונה שהשינוי יתרחש באחרית הימים. תחיית המתים תתקיים אולם זמנה אינו ידוע. העולם הבא הוא עולם הנשמות וכדברי רב: "אין בו לא אכילה ולא שתיה ולא פריה ורביה ולא משא ומתן ולא קנאה ולא שנאה ולא תחרות אלא צדיקים יושבין ועטרותיהם בראשיהם ונהנים מזיו השכינה" (בבלי, ברכות יז ע"א). דחיית הקץ לזמן בלתי ידוע מפחיתה בנחיצות איסופם של עצמות המת וליקוט עצמות מאבד מתוקפו המיידי. השינוי במחשבת חז"ל באותם ימים הושפע, ללא ספק, גם מן המאורעות הפוליטיים באותם ימים ומן השינויים החברתיים והכלכליים. תקופת האנרכיה באימפריה הרומית לא פסחה על ארץ-ישראל, הקשיים הכלכליים מגבירים את הירידה מהארץ, שהחלה עוד בימים שלאחר מרד בר-כוכבא. קרוב לוודאי, שקבורה משפחתית במערות כוכים מצטמצמת. חציבתן של מערות חדשות נפסקת והישנות נעזבות. יותר ויותר אנשים שבים לקבורת שדה, ישירות באדמה, דרך שמעולם לא פסקה כליל והתקיימה לצד הקבורה במערות כוכים.
כך מקיץ הקץ על מנהג ליקוט העצמות. האמונה בתחיית מתים כבר הושרשה עמוק מזה דורות. בדומה לכך, גם רעיון הכפרה ומשפט הנשמות היה לחלק בלתי נפרד מתפיסת המוות ומן המחשבה אודות החיים שלאחר המוות. מראשיתו לא היה ליקוט עצמות מתים יותר מסמל לאמונה בתחיית מתים וסביר להניח כי גם בשעה שהתקיים לא מצאו בו חשיבות בפני עצמו. בשעה שהאמונה בתחיית מתים הפכה מהות קיימת ונוכחת בחיי העם, איבד הסמל מערכו, עבר מן העולם ולא נמצא בו צורך.