בשלהי המאה ה-20 ולאחר 50 שנות עצמאות, אנחנו מוצאים את עצמנו על פרשת דרכים היסטורית מכרעת, והדרך שבה נבחר ללכת תקבע את דמותה ועתידה של החברה שלנו, ואולי אף את עצם קיומה של מדינת ישראל.
דרך אחת, החוצה אידיאולוגיות פוליטיות ואמונות, היא להמשיך ולדבוק בנחישות בבניית חברה מודרנית, סובלנית, נאורה ופלורליסטית, החיה במסגרת דמוקרטית פורה, בשלום, בתוכה ועם סביבתה, ברוח חזונם של האבות המייסדים ומגילת העצמאות. חברה היונקת ממורשת ישראל והערכים ההומניסטיים אוניברסליים גם יחד. ערכים, שהעם היהודי תרם כה רבות לעיצובם, ועל כן נמנים גם אנו עם יורשיהם החוקיים.  
הדרך השניה בפרשת דרכים זאת, היא להיכנע לרוחות ההרסניות של קיצוניות, קנאות, פונדמנטליזם, כוחנות פוליטית, משיחיות שקר, אי­רציונלית ושנאה, העולות ובוקעות ממגזרים שונים של החברה שלנו. רוחות המאיימות לנתק אותנו מהמציאות ולהרחיק אותנו מהעולם המתקדם. המאיימות על המבנים היסודיים ביותר של המשטר הדמוקרטי, שהקונצנזוס עליהם כבר הולך ונפרם. המנציחות בורות ופירוד. המאיימות לסחוף איתן מגזרים הולכים וגדלים של האוכלוסיה, ועלולות, בסופו של דבר, להביא להתפוררותה והיעלמותה של אותה חברה ישראלית אליה אנחנו שואפים.  
נעלם קולה של ישראל הרציונלית
לפרשת דרכים זאת הגענו, כאשר החברה הישראלית מצויה במשבר זהות והערכות מחדש. למעשה, אנחנו  נמצאים בעיצומו של מאבק קשה ומסובך על הגדרה מחדש של עצם גבולות הזהות הישראלית. זהו מאבק לגיטימי ובעל חשיבות אדירה, ותוצאותיו תקבענה את אופייה ודמותה של מדינת ישראל. כל קבוצה בחברה הישראלית, המרגישה את עצמה מחוץ לגבולות הזהות, נאבקת על זכותה להגדיר מחדש את הזהות הישראלית. חלקן דורשות להחליף את הזהות הישראלית ביהודית. חלקן עושות זאת מתחושת קיפוח אמיתי או מדומה. חלקן מדחף לאומני משיחי, ואחרות ­ מדחף פונדמנטליסטי. יש שמתוך אינטרס פוליטי קר, ויש שמרצון לתפוס נתח גדול יותר מהעוגה הלאומית. תהיה הסיבה אשר תהיה, אין ספק שהתהליך, בסופו של דבר, ייצור ישראל חדשה.  
אולם, במאבק איתנים זה, שיקבע את גורלנו, נעלם כמעט לחלוטין קולה של ישראל הרציונלית, המפוצלת בין ימין ושמאל על רקע חילוקי דעות פוליטיים­מדיניים, שמשמעותם המעשית מתפוגגת. בלא הקול הרציונלי המאחד, ובלא מאבק נחוש של ישראל הרציונלית, הדמוקרטית, המודרנית והסובלנית על חזונה, החברה הישראלית מסתכנת בגלישה במדרון חלקלק לאטימות רגרסיבית, קלריקלית, דוגמטית וסגורה.    
שעת המבחן של הקהילה האקדמית
אלה שגוררים אותנו לדרך זו מתעלמים מהעובדה שלחברה כזאת, בתנאי מדינת ישראל, אין יכולת הישרדות ארוכת טווח בעולם המודרני של המאה ה-21. כי, אנחנו חיים כבר בחברה בה הנאורות הופכת כמעט למילת גנאי. בה המגזר החילוני מתרחק ממורשת עמו, ומרשה לממסד הדתי לנכס את עברו ואת תרבותו.  בה מערכת המשפט, ובמיוחד בית המשפט העליון, נמצאים במתקפה רצופה, ממוסדת וחסרת רסן. בה תוקפים גם את האקדמיה, את האוניברסיטאות עצמן ואת עצמאותן; בה פער הכנסות והזדמנויות הוא ללא נשוא. בה השכבות המבוססות מכונסות בעצמן, ומתעלמות מאחריותן המוסרית לזולת ולכלל. בה מתוך לחץ פוליטי לשמירת מונוליטיות הממסד הדתי, אנחנו דוחים מעלינו בקוצר ראות נוראית את יהדות התפוצות, ובכך מסכנים את עתיד העם היהודי. בה עשרות אלפי ילדים וילדות, אשכנזים וספרדים, במספרים גדלים, מקבלים, במימון ציבורי, חינוך לסגירות ובורות, ובכך גוזרים עליהם עוני וחוסר יכולת להתמודד עם העולם של מחר, ועם היכולת לתרום לקידום החברה בה הם חיים.
חברה כזאת, מאבדת את סיכוייה, ושומטת את חובתה להשלמת המשימה ההיסטורית של התחדשות לאומית. היא לא תוכל להתמודד עם אתגרי המאה ה-21, כי היא תאבד את יכולת התחרות שלה בשווקים הגלובליים המודרניים, והיא לא תוכל למנוע את בריחת המוחות של האליטה המדעית­טכנולוגית שלה. חברה כזאת לא תהיה חברה שיהיה טוב לחיות בה, ולא תהיה אבן שואבת לתפוצות. אור לגויים. חברה כזאת אין לה עתיד, יש לה רק  הווה ועבר. 
מהנימוקים הללו ואחרים, עכשיו הזמן לקהיליה האקדמית שלנו, שהרציונליות היא לחם חוקה, לתרום את חלקה לעיצוב הזהות הישראלית החדשה ודמותה של המדינה; עכשיו, כאשר החברה הישראלית החדשה נמצאת בהתהוות, כאשר הכל עדיין נזיל, זורם וניתן להשפעה ועיצוב; עכשיו הזמן, להשפיע על סדר היום הציבורי, ולהביא לדיון מעמיק את הסוגיות החשובות שצריכות להיות במרכז השיח הציבורי. לדון בתוכן ולא בצורה.  באתגרים ולא באנשים. ולהתריע על האיומים המסכנים את הישגי הציונות ותנועת ההשכלה בעבר.
  
מרד הפרופסורים
באמצע ינואר 99, נאספו 300 מרצים בכירים מאוניברסיטאות מכל הארץ, לכנס יוצא דופן. לנוכח עלית כוחם של החוגים החרדיים והשתלטות תפיסות פונדמנטליסטיות חשוכות על השיח הציבורי, ביקשו הנאספים להרים קול זעקה בשם הפלורליזם, הערכים הדמוקרטיים וההגיון המדעי. בעתונות הוכתר הכנס וההתארגנות שבאה בעקבותיו, כ"מרד הפרופסורים".