דמותו של אלישע בן ­אבויה עולה מתיאוריה ומהסיפורים המעטים אודותיה שבמשנה, כשהיא עוטה ענן כבד של ספק דמות היסטורית, ספק אגדה, ספק מיתוס. הדמות ההיסטורית מתוארת בריחוק כלשהו, כשהעובדות ההיסטוריות ודברי האגדה מעורבים זה בזה. כך למשל, הסיפור העיקרי אודות אלישע, פרשת רכיבתו בשבת על סוסו בשוק, והדיון התורני שהתפתח בעקבותיה בינו לבין תלמידו ר' מאיר, משובצים בסיפור לידתו וחגיגת ברית המילה שלו, שבה, כמסופר, ירדה אש והקיפה את החכמים שעסקו בתורה. הסיבות ל"יציאתו לתרבות רעה" מוארות באותו קטע באור מיתולוגי, לפיו, אביו הקדיש אותו לתורה בלא שהיתה "כוונת מחשבתו לשם שמים".
כך גם בסיפור אודות "בת קול" ששמע אלישע מאחורי בית המדרש, לפיה נמנעה ממנו הזכות לחזור בתשובה. באגדה אחרת עולות הסיבות ליציאתו לתרבות רעה מפי השמועה. פרשת שילוח הקן, לפיה ראה אלישע "אדם שעלה בשבת לראש הדקל ונטל האם על הבנים וירד בשלום", ואילו אדם אחר, שעלה לראש הדקל במוצאי שבת ושמר על המצווה לשלח את האם וליטול את הבנים, הכישו נחש; ופרשת חוצפית המתורגמן, אחד מ"עשרת הרוגי מלכות", לפיה ראה אלישע את לשונו נגררת בפי חזיר, ולפיכך יצא וחטא. ועוד "אומרים" שהאשם בחטאיו של אלישע היה באמו, שבהיותה מעוברת בו, "עברה על בתי עבודה זרה, והריחה ונתנו לה מאותו המין ואכלה, והיה מפעפע בכרסה כארס של חכינה (נחש)". אגדות אלה  מסופרות מפי דובר אנונימי בלשון "אומרים". אפשר אולי להניח שאותו מספר אנונימי ייחס לאלישע בן אבויה דברים ושאלות שהציקו לו עצמו. כך גם עיקרו של הסיפור על "ביקורו" של אלישע על סוסו בשבת בבית המדרש, והדיון המרתק בינו ובין ר' מאיר, ובמיוחד הפסוקים שנפסקו לו מפי ה"תינוקות" שבבית המדרש באחידות מכוונת. כל אלה מוליכים למסקנה, שגם אם יש יסוד היסטורי לפרשיות אלה, הן עברו שיפוץ מיתולוגי עמוק כשכונסו לספר. כך גם הסיפורים אודות מותו של אלישע, העשן שעלה מקברו, והדיון אודות חלקו לעולם הבא.
הוציא את עצמו מן הכלל
בכל סיפורי אלישע בן אבויה אין כל התייחסות למה שהתרחש בנפשו שלו, אין רמז ללבטים, לספקות, לחרטה, לייסורים, לרגשות כלשהם. העובדות ההיסטוריות והמיתולגיות מצורפות פרט לפרט בחסכנות קיצונית, במגמה ברורה להרשיע אותו על ש"יצא לתרבות רעה" מצד אחד, ולשבח את למדנותו ו"עיסוקו בתורה" מהצד האחר.
מן הראוי להטעים, ששאלותיו של אלישע, המוסבות על הבעיה עתיקת הימים אודות הרשע שטוב לו והצדיק שרע לו, ועל דרכו של אלוהים בהנהגת עולמו, הן שאלות ליגיטימיות, וחוזרות במקורות פעמים רבות מאוד, אם כי ללא תשובה מניחה את הדעת. חטאו של אלישע היה בכך שהגיע למסקנות "לא נכונות", ובעקב זאת לכפירה גמורה בהשגחה. אפשר שבכך מגלה המשנה יותר מטפח מדרכי הלימוד התלמודי, שאינו מבקש לגלות אמיתות חדשות, אלא רק להצדיק ולהסיר ספקות בכל הנוגע לאמיתות "הנצחיות", הקיימות ועומדות של הדת. האגדה מייחסת לאלישע, ולא רק לו, זיקה עמוקה לתרבות יוון. כבר מהסיפור אודות חגיגת ברית המילה שלו אפשר ללמוד רבות על מקומה של התרבות היוונית בקרב "גדולי ירושלים", שעל פי המסופר שם היו "אומרים אלפיביתרין', שירי אכרוסטיכון יווניים, ואילו הוא עצמו, לפי המסופר, 'ספרי מינים' (ספרי כפירה, כינוי לספרי פילוסופיה יוונית) היו נושרים לו מחיקו".
משה שמיר, בסיפורו "על סוסו בשבת", אינו מחדש הרבה ואינו מוסיף חומרים סיפוריים על אלה המצויים בסיפורים המשנאיים אודות אלישע בן אבויה. הוא עושה שימוש במירב החומר שבמשנה, אבל מציג אותו באור היסטורי ריאליסטי, ללא הגורמים המיתולוגיים. סיפורו של שמיר מתרחש כולו באותה שבת בה יצא אלישע על סוסו לבית המדרש, ועיקרו בויכוח עם רבי מאיר, ובעימות עם ה"תינוקות" בבית המדרש. יתר האירועים, במיוחד הפרשיות של שילוח הקן ושל חוצפית המתורגמן, מסופרים בראיה לאחור. עיקר חידושו של שמיר הוא בכך, שהעביר את הסיפור אל תודעתו של אלישע. לא "אומרים" אנונימיים מספרים אודותיו, אלישע עצמו פורש את טענותיו, ובמיוחד את מצוקותיו. שמיר בונה, אם כן, את דמותו של אלישע במבט אינטרוספקטיבי, מנסה להסביר את ספקותיו, את לבטיו ואת כאבו של מי שהוציא את עצמו מהכלל. אצל שמיר, העימות של אלישע עם תלמידו, ר' מאיר, אינו בא על מנת להתגרות בו, כפי שעולה מהאגדה המשנאית. הוא יוצא לבית המדרש על סוסו בשבת מחמת ספקות ומצוקות, תוך ניסיון להבין את עצמו, את מה שאירע לו ולהוֹפַּך בגורמים ליציאתו אל מחוץ לגדר ובמשמעותם. שמיר מרחיב את פרשת שילוח הקן, ומחיל אותה על גורלו של עם ישראל:
"ראו עיני את מה שלא ראו עיניו של רבי עקיבא. ראו עיני שנתן לעמו חוקות שאין עולמו נוהג בהם, ראו עיני שדרש מבניו מעשים שהוא כביכול אינו עומד בהם, ראו עיני שדרש מבשר ושם צדקה שאין הוא משיב להם כנגדה בצדקה. ראו עיני עשרת הרוגי מלכות. הוא עצמו כלום הוא מטריח עצמו על האם ועל הבנים¿ מאיר בני הוא עצמו, כביכול"
אלישע של שמיר סבור היה, שבעקבות השואה הנוראה שירדה על העם עם מפלת בר כוכבא והוצאתם להורג של החכמים מנהיגי העם, "עשרת הרוגי מלכות", יהיו הספקות והזוועה שהתעוררו בו עצמו נחלת העם כולו, או לפחות חלקים גדולים ממנו, ורבים לפיכך ילכו אחריו בהבנה הנוראה שאין אלוהים, אין השגחה ואין שכר ועונש. והנה מסתבר שאין הדבר כן. חפץ החיים של העם התגבר עד מהרה על האסון הנורא, והמשיך בחיי יום יום, בלימוד תורה ודרך ארץ, בקיום ההלכה באמונה שלימה, אלישע נותר לבדו בלבטיו ובכפירתו.
עקבי בכפירתו
שמיר מבליט היטב את רגשי החרטה ואת תחושת הכישלון של אלישע, ומעצים מאוד את כוחו של הכלל, שמוציא מתוכו את אלישע ומתנער ממנו. אלישע מבין שמחוץ לכלל המלוכד אין לו עצמו, לדעותיו ולחכמתו כל משמעות, והכלל קיים כל עוד יש לו המשך: "ישראל כל זמן שתינוקותיהם שלהם הם, ובתחומם הם, אינם אובדים", ולפיכך: "אלישע, עד שאתה מחוץ לציבור חכמתך אינה חכמה ותורתך אינה תורה וחייך אינם חיים". שמיר מכוון סיפור להגנה על זכותו של הכלל להתנער ממי שהוציא את עצמו, כדי להגן על המסגרת ולהמשיך בחיי הקהילה כמימים ימימה.
סיפורו של שמיר איננו הולך עם אלישע. הוא דוחה את כפירתו ואת יציאתו אל מחוץ לגדר, אחרי שואת המרד המשיחי של בר כוכבא ורבי עקיבא. הוא מצביע על הצורך בהמשכיות, בהתגברות, באחדות עם ישראל. הסיפור עומד בהשתאות על ההתאוששות המהירה של העם לאחר החורבן, ועל שיבתו לחיי יום יום. מהבחינה ההיסטורית, יהודי הגליל לא השתתפו כלל במרד בר כוכבא, ולפיכך לא סבלו מחורבן ביתר, שבעקבותיו נמחה היישוב היהודי ביהודה ובשומרון, ולא התאושש מעולם. בדידותו של אלישע הופכת אצל שמיר לשנאה גדולה, בעוד שבאגדה מסופר על הסתייגות אמנם, אך גם על ראייה שונה של המציאות, ואף על מעורבות בחיי הקהילה ודאגה לשלומה. האגדה מספרת ש"כשהיה נכנס לבית הועד ורואה תינוקות וספרים לפניהם, היה אומר: מה הללו יושבים ועוסקים כאן¿ אומנותו של זה בנאי, אומנותו של זה נגר, של זה צייר, של זה חייט", ממש כמשוררי ההשכלה במאה התשע­עשרה. האגדה מספרת על נחישות דעתו ועל עקביותו בכפירתו: "מצא זונה ­ תבעה. אמרה לו: ולא אלישע בן­ אבויה אתה? עקר צנון מערוגה בשבת ונתן לה." האומנם היה אלישע בודד בדעותיו ובמאבקו? האם מקרה הוא שלא נשאר כמעט דבר מתלמודו?
סיפורו של שמיר "על סוסו בשבת" ראה אור בשנות החמישים הראשונות. הוא כלול בספרו "נשים מחכות בחוץ", שהופיע ב-1952, שנתיים לפני הרומן ההיסטורי הגדול שלו, "מלך בשר ודם". הגורם האקטואלי שאליו מרמז הסיפור, ככל הנראה, הוא במשקעים שלאחרי שואת אירופה. ברוח הימים ההם "מטיף" הסיפור לאחדות העם, להתחדשות ולהמשכיות. אין הוא עושה צדק לדמותו ההיסטורית של "אחר", אלישע בן ­אבויה.