צעירים וצעירות, מועמדי מדרשת ההסדר למנהיגות חינוכית וליהדות כתרבות, ממתינים בקוצר רוח לתשובת שר הביטחון ולהכרעת הבג"ץ על דרישתם לקבל תנאים שווים לישיבות ההסדר הדתיות.
בארבעה בינואר 1999 קיבלו שופטי בית המשפט העליון, בישיבתו כבג"ץ, את דרישת עותרי המדרשה והוציאו צו על תנאי, המורה לשר הביטחון לנמק את    סרובו להכיר ב"מדרשת הסדר חילונית" תוך 60 יום עד ה-4.3.99.
השופטים מישאל חשין, דורית בייניש ויצחק אנגלהרד, נתנו את הצו בתום דיון בעתירתם של המדרשה, המכללה ליהדות פלורליסטית בראשות פרופסור יעקב מלכין, חברי הכנסת חיים אורון, ניסים זוילי, דדי צוקר ויהודה לנקרי, ושלשת תלמידי י"ב­מועמדים למדרשה : ליאור לוויתן, אלעד בר­אילן ושני פרץ.
בא כוח העותרים עו"ד גלעד שר טען, ששר הביטחון מסרב לאפשר למתגייסים ולצה"ל לבחור במכלול, המשלב לימודים ושירות ביחידות קרביות במתכונת הארגונית של ישיבות ההסדר הדתיות. למטרה זאת סייעה המכללה ליהדות פלורליסטית בהקמתה של מדרשת הסדר למנהיגות חינוכית וליהדות כתרבות.
טיעוני בא כוח משרד הביטחון­ עו"ד עוזי פוגלמן מפרקליטות המדינה היו: מסלול ישיבות ההסדר מושך צעירים דתיים המעונינים ללמוד לימודים תורניים ולשרת בצה"ל, במקום הגשת בקשה לדחיית שרות במסגרת הסדר "תורתו אומנותו". ישיבות ההסדר ממלאות עבור הלומדים גם צורך דתי; לעומת זאת "המדרשה החילונית" עוסקת ביהדות כתרבות ובצרכי חינוך.
שופטי בג"ץ לא קיבלו, כאמור, את דרישת משרד הביטחון למחוק את עתירת המדרשה מסדר היום, ופסקו צו על תנאי כמבוקש.  
לקראת פסח 1999 תוכרע השאלה בנושא עקרוני ממדרגה ראשונה: האם מדינת ישראל  מוכנה להתייחס לתפיסה של "יהדות כתרבות" כשוות ערך ל"יהדות כדת"? האם המדינה תעניק תנאים שווים לצעירים חילוניים, שרוצים לקחת חלק בעיצוב התרבות היהודית של מדינת ישראל, כפי שהיא נותנת לבעלי הכיפות הסרוגות לאורך עשרות שנים?
אנחנו עומדים על סף הכרעה משמעותית.