רבי אלישע בן אבויה נשאר דמות אפופת מסתורין ושנויה במחלוקת. הוא היה בין הרבנים הבולטים בזמנו, חכם מכובד בקרב חז"ל, ואחד הגיבורים הגדולים של יהדות חופשית. הוא התנגד לרבי עקיבא ומקורביו הקנאים, שבשם אלוהים המיטו על העם היהודי את חורבן ירושלים וביתר, וגרמו להגליית יהודים מיהודה. כידוע, אלישע הוחרם ואף היו ניסיונות להחביאו במקורות תחת הכינוי "אחר".
נותרו פירורי מידע מועטים עליו. על פי המקורות, נולד אלישע למשפחה ירושלמית אמידה. רבי אליעזר ורבי יהושע, יחד עם נכבדי העיר, השתתפו בטקס המילה שלו. הוא קיבל חינוך מסורתי מגיל צעיר ונחשב לעילוי. אולם הוא לא הסתגר בד' אמות של תרבות תורנית, אלא היה בקי בתרבות ההלניסטית של תקופתו, הופיע בבית המדרש עם ספרים בלועזית, ובין השאר אף זמזם פזמונים פופולריים ביוונית. כלומר, היה רב מוכשר ויחד עם זה בן תרבות במובן הרחב.
מעט ידוע על פעילותו כרב. כנראה, אלישע בחר להקדיש את עצמו להוראה. רוב אמרותיו שנותרו עוסקות בתורת החינוך. המפורסם ביותר בין תלמידיו היה רבי מאיר, דמות בולטת ומכובדת במסורת התלמודית. על פי התלמוד הבבלי, אלישע מונה לאב בית דין בשלב כלשהו בחייו, ויעץ בענייני הלכה (מועד קטן כ¯א). אבל הוא נקרא "רבי" רק במקום אחד במקורות )אבות דרבי נתן, נוסח ב', פרק מו'.
המקצץ בנטיעות
אלישע הדגיש שני מסרים חינוכיים בדבריו. הראשון דן בחשיבותו של יסוד חינוכי איתן, שמתאפשר רק כאשר ילד מתחיל ללמוד מגיל צעיר. האמרה הידועה ביותר נמצאת במסכת אבות ד.כ: "הלומד ילד, למה הוא דומה? לדיו כתובה על נייר חדש. והלומד זקן, למה הוא דומה ? לדיו כתובה על נייר מחוק". המסר השני דן במטרות החינוך, שהיה בעיניו טיפוח מידות ויצירת אדם מוסרי. שמונה אמירותיו כלולות באבות דרבי נתן, ומחציתן עוסקות ביחס בין תלמוד למעשה. הוא התנגד להסתגרות בעולם התורה ולסיסמא של לימוד תורה לשמה. הוא העמיד מולה את הסיסמא של לימוד תורה לשם מעשים טובים. הוא אמר, "אדם שיש בו מעשים טובים ולמד תורה הרבה, למה הוא דומה? לאדם שבונה אבנים ואחר כך לבנים. אפילו באים מים הרבה ועומדים בצידם אין מוחים אותם ממקומם. ואדם שאין בו מעשים טובים ולמד תורה, למה הוא דומה? לאדם שבונה לבנים תחילה ואחר כך אבנים. אפילו באים מים קמעה מיד הופכים אותם" (שם, פרק כד').
הרבנים שהתנגדו לו וניסו להשכיחו מן הזיכרון הלאומי, לא הצליחו מחמת צחוק הגורל. מקומו בקרב חז"ל נשמר בעיקר משום ששמו שורבב באגדה על ארבעה חכמים גדולים שנכנסו לפרדס. האגדה הזאת היא רק מטאפורה, אבל היא הפכה לאחד מנכסי צאן ברזל של המיסטיקה היהודית. הפרדס התפרש כלימוד תורת הסוד. מתוך ארבע הדמויות, בן עזאי הציץ ומת, בן זומא הציץ ונפגע, אלישע קיצץ בנטיעות, ועקיבא יצא בשלום (בבלי חגיגה יד¯ב­טו¯א, תוספתא חגיגה ב. ג­ד). פרשנים עמלו הרבה כדי להבין את פשר האגדה הזאת, ועד היום הסוגיה שנויה במחלוקת. המעשה של אלישע ש"קיצץ בנטיעות", אולי רומז שבחדות שכלו "קצץ" או ביטל את הנחות היסוד של תורת הסוד. הרי, אלישע היה אדם שכלתני ורחוק ממיסטיקה. ברם יריבו עקיבא שקע בתורת הסוד, שימש בה ליצירת מדרשים דמיוניים, ותרם את חלקו ליצירת תורה שבעל פה גדושת אגדות. (אמוראי בבל טבעו את מטבע הלשון "תורה שבעל פה" תחת השפעת הניב הבבלי. השין מיותרת וגורמת לשיבוש לשוני.)
היריבות בין הפרושים לעם הארץ
לא ידוע מתי ולמה התחילה יריבות בין שני אלה, אך השוני ברקע האישי בודאי השפיע. אלישע גדל במשפחה מבוססת, למד מילדותו, ושלט גם בתרבות תורנית וגם בתרבות לועזית. לעומתו, עקיבא גדל במשפחה עניה, והתחיל ללמוד תורה בגיל מתקדם והתנגד לתרבות לועזית. חינוכו של אלישע עיצב אדם שכלתני וקשור למציאות. עקיבא גדל בתרבות עממית ספוגת אגדות, והוא הצטיין לאחר מכן באופי דרשני של פרשנותו, שהרחיקה לכת הרחק מן המקרא. המקורות מספרים אגדה על ביקורו של משה רבנו בשיעור של עקיבא. משה הקשיב היטב ולא הבין דבר, גם כאשר עקיבא התיר קושיה מסוימת בעזרת "הלכה למשה מסיני" (מנחות כט¯ב).
תומכיו של עקיבא רואים באגדה זו הוכחה לחכמתו, אולם מתנגדיו מפרשים את הסיפור כעדות לגודל סטייתו מתורת משה האמיתית. מנחם אלון העיר על האגדה הזאת: "משה רבנו עצמו לא היה יודע אפוא, מה הן ההלכות הנאמרות בבית מדרשו של רבי עקיבא, אך בכל זאת ההלכות הן 'הלכות למשה מסיני' ­ שמקובלות ומקיימות היו, כאילו נתנו למשה מסיני". בסך הכל יש מעט "הלכות למשה מסיני", וכפי שמנחם אלון מוסיף, "אף אלה שנויות במחלוקת בין החכמים". על היסוד הרעוע הזה עומדת התורה שבעל פה.
עקיבא הצטרף אל הפרושים. בניגוד לדבריו של יוסף בן מתתיהו, כאילו ההמונים תמכו בפרושים, מקורות מעידים שבין אלה לאלה שררו יחסי שנאה עזים. הפרושים היו תלמידי­חכמים שהתארגנו בחבורות סגורות, כדי להגשים אורח­חיים מבוסס על קיום קפדני של מצוות. בולטות ביניהן ההפרדה בין טומאה וטהרה, מתן תרומות ומעשרות, ותפילה קבועה. רוב עם הארץ לא הקפידו על קיום אותן המצוות, ובודאי לא לפי הבנת הפרושים. הידיעות על התקופה הזאת מוגבלות ואינן מספקות תמונה מאוזנת. אבל גם במקורות האלה אפשר למצוא רמזים לכך, שעם הארץ שנאו את תלמידי החכמים הפרושים.
הפרושים נבדלו מעם הארץ עד כדי הימנעות ממגע גופני אתם מחשש לטומאה. אך, הפרושים הצליחו להשיג סמכות מיוחדת למתן הכשר הלכתי ליין ולשמן, וכתוצאה מכך איכרים וסוחרים היו תלויים בהם כמו שרבים היום תלויים בהכשר הרבנות או בד"ץ. התלות הכלכלית הזאת החמירה את היחסים ביניהם. יש גם ביטויים במקורות לשנאה העזה בין הפרושים לבין עם הארץ. מצוטטים בתלמוד הבבלי דברי רבי אליעזר, שהמחיש את שנאת הפרושים כאשר אמר, שמותר לדקור עם הארץ ביום הכיפורים שחל בשבת. תלמידיו שאלו אותו למה לא אמר לשוחטו, והוא ענה שהדקירה לא מחייבת ברכה. לפי אליעזר השנאה היתה הדדית ועם הארץ היו הורגים את הפרושים אלמלא היו נחוצים להם במסחר. נאמר באותו המקום ש"גדולה שנאה ששונאים עם הארץ לתלמיד­חכם, יותר משנאה ששונאים אומות העולם את ישראל". עקיבא הוסיף, שגם  הוא שנא את תלמידי­חכמים בזמן שהיה עדיין עם הארץ, והיה מוכן לשבור להם את העצמות (פסחים מט¯ב).
קוצים בכרם
יש מקום להשוואה זהירה בין מצבם של יהודים תחת הכיבוש הרומי לבין מצבם של פלסטינים תחת הכיבוש הישראלי, אם כי לא היו אצל היהודים ניסיונות להתערב בענייני דת ובודאי לא מעשי שמד. אולם שני המצבים מעמידים שאלה דומה: מה יותר טוב לעם ­ לשתף פעולה עם הכובש כדי להפיק את המיטב מן המצב ואולי אף לשפרו, או שמא למרוד כדי לסיים את הכיבוש, ואפילו מתוך סכנה של כשלון הרסני. אלישע בחר בשיתוף פעולה עם הכובש. הוא לא סמך על נסים ולא המתין להתערבות אלוהית, אלא האמין שבני אדם צריכים לפתור את בעיותיהם בעצמם. לעומתו, עקיבא בחר במרד אלים נגד הרומים, יחד עם אמונה בהשגחה עליונה. 
עקיבא השתיל גאווה לאומית בלימוד התורה, והשקיע מאמצים רבים בהקמת בתי מדרש. הלימודים בהם התרכזו לא רק בתורת משה ובנביאים, אלא גם בתורה בעל­פה שהפרושים טיפחו, וזאת בעזרת מדרשים ותרגומים ארמיים שהרבו בפרשנות דמיונית. אלישע התנגד לדרך הזאת, פסל את הערך של לימוד תורה לשמה, והדגיש את חשיבותם של מעשים טובים. הניגוד הזה בא לדיון שהתקיים בעליית בית נתזה בלוד. "נשאלה שאלה זו בפניהם, תלמוד גדול או מעשה גדול? נענה רבי טרפון ואמר, מעשה גדול. נענה רבי עקיבא ואמר, תלמוד גדול. נענו כולם ואמרו, תלמוד גדול שהתלמוד מביא לידי מעשה" (קידושין מ¯ב). פירושו של דבר, שלילת לימוד תורה לשמה, וחיוב לימוד תורה לשם מעשים טובים.
אלישע היה אדם מעשי. לאור המצב הקשה תחת הכיבוש הרומי, הוא עבר מבית מדרש לבית מדרש, ושכנע את האברכים לנטוש את ספסל הלימודים ולגשת לעבודת קודש של שיקום הכלכלה ההרוסה. דבריו נגעו לליבם של הצעירים,  ורבים מהם פנו ללימודי מקצוע ולבניית הארץ, למורת רוחם של רבנים. כתוב על אלישע בירושלמי: "היה עולה לבית המדרש והיה רואה תינוקות (נערים) לפני ספריהם, והיה אומר: מה אילו יושבים ועושים כאן? אומנותו של זה בנאי, אומנותו של זה נגר, אומנותו של זה צייד, אומנותו של זה חייט, וכיוון שהיו שומעים כן, היו עוזבים והולכים" (חגיגה, ב.א).
מעשיו אלה הכעיסו רבנים והגבירו את שנאתם כלפיו. הם האשימו אותו בהריגת רבנים בכך, שהוא הוציא את האברכים מלימודיהם, וכמובן גם האשימו אותו בשיתוף פעולה עם הכובש. שמעון בר יוחאי, תלמידו ועוזרו של עקיבא, היה בין הנצים החריפים ביותר בהתנגדותם לדרכו של אלישע. רצה הגורל והתגלגל אלעזר בן שמעון בר יוחאי לשירות הרומיים. לא ברור אם תפקידו היה שוטר או שופט, אבל היה קשור למסירת יהודים לשלטון הרומי והוצאתם להורג. על כך גער בו רבי יהושע בן קרחה: "חומץ בן יין, עד מתי אתה מוסר עמו של אלוהינו להריגה ?" תשובתו של אלעזר היתה, "קוצים אני מכלה מן הכרם" (בבלי בבא מציעא פג¯ב). אבל כתוב, "אין בן דוד בא עד שיכלו כל שופטים ושוטרים מישראל" (סנהדרין צח¯א). המגמה במסורת התלמודית, שהיתה להגן על אלעזר בן שמעון בר יוחאי ולהתייחס אליו בסלחנות ואף בכבוד, מעוררת תמיהה לעומת היחס ההפוך לאלישע בן אבויה.
עקיבא, כידוע, היה בין הנצים שתמכו במרד בר כוזבא. משנתו נשמרה בכבוד רב במסורת התלמודית עד היום הזה, למרות הסתירה הפנימית שיש בה. למעשה, התנדנדו עקיבא ומקורביו בין תיקון העולם הזה כדי להתאימו לרצונם, לבין הכנעה סבילה לרצון אלוהים מתוך המתנה לגמול בעולם הבא. רוב הרבנים לא תמכו במרד בר כוסיבא, כי האמינו שאדם צריך להתרכז בתיקון עצמו על פי האמרה, "העולם הזה דומה לפרוזדור בפני העולם הבא: התקן עצמך בפרוזדור כדי שתכנס לטרקלין" (אבות ד.טז). צדוקים דחו את התפיסה הפרושית הזאת, ועמדו על חשיבותם של מעשים טובים בעולם הזה, מתוך שכנוע שאין עולם אחר. על פי יוסף בן מתתיהו, הצדוקים טענו שאלוהים אינו מתעניין במעשי אדם בעולם הזה ואינו מתערב. מעשים של בני האדם תלויים ברצונם ומצפונם של בני אדם. הם דחו אותם רעיונות של תחיית המתים וגמול בעולם הבא, שעמדו ביסוד השקפת הפרושים (מלחמת היהודים ב.ח.יד). ההבדל הזה הוא סלע המחלוקת בין הצדוקים לבין הפרושים. אם הדברים נכונים, והם נתמכים בברית החדשה, קיימת אפשרות שאלישע נטה לצד הצדוקי, ואולי היריבות בינו לבין רבי עקיבא היתה גלומה במחלוקת הרחבה יותר. בסופו של דבר, הפרושים ניצחו ואלישע נעלם תחת הכינוי של "אחר", בעוד עקיבא הפך לגיבור במסורת התלמודית.
עליונות התבונה על האמונה
הזוועות תחת הכיבוש הרומי הביאו את אלישע להבחין, שקיום מצוות אינו מבטיח אושר ואף אינו סימן של יושר. הוא איבד את אמונתו בצדק, וגם בשופט עליון (ירושלמי חגיגה ב, א). יתכן שעמדתו הקיצונית גרמה לדחייתו, בסופו של דבר, גם על ידי הפרושים וגם על ידי הצדוקים. אבל אין הבדל בין עמדתו הסופית לבין זו של קהלת הכלולה בתנ"ך, והדבר מעורר תמיהה ושאלות. למעשה, אלישע צעד בדרך החכמה, שהיתה מקובלת על משכילים ירושלמים עד למרד הגדול, והגיע לעמדת קהלת, שהיתה מתאימה למצב שנוצר אחרי כשלון המרד השני.
אלישע בחר בעליונות התבונה על האמונה, והעמיד את היחסים בין אדם לחברו מעל היחסים בין אדם לאל. עקיבא בחר בדרך הפוכה של עליונות האמונה, והדגיש את חשיבות היחסים בין אדם לאלוהיו. הרמב"ם בחן את ההשוואה הזאת והסיק מסקנה מעוררת תמיהה. הוא האשים את אלישע בתבונה מוגזמת, ושיבח את עקיבא על אמונתו ­ וזאת לא במשנה תורה אלא במורה הנבוכים¡ הדבר מעורר תמיהה כי הרמב"ם טען שיש לכל מצווה טעם ותכלית, וחובתו של אדם בעל תבונה להתאמץ ולגלותם. אולם הוא האשים את אלישע בהתאמצות יתרה, עד שעבר את גבול המותר. לדידו של הרמב"ם, אלישע כשל בדרך התבונה כאשר ניסה להבין את הנמצא מעבר ליכולת הבינה האנושית, והוא בשאלת קיומו של אלוהים.
הרמב"ם כתב בחלק הראשון של מורה הנבוכים, שלשכל יש מגבלות טבעיות כמו לעין. כפי שהעין אינה יכולה לראות את הכל, כך גם השכל אינו מסוגל לתפוס את הכל. הנושא של אלוהים עומד מעבר לבינת אדם. לכן, אין אפשרות להוכיח את קיומו של אלוהים, וגם לא להיפך. מכאן המסקנה, שהאמונה עומדת מעל השכל. עצתו של הרמב"ם לקורא היתה, "אל תמהר לדחות בהכחשת כל מה שלא הוכח הפכו, ואל תחשוב להשיג מה שאינך יכול להשיגו ואם תחשוב להשיג למעלה מהשגתך, או תמהר להכחיש דברים אשר לא הוכח הפכם, או שהם אפשריים ואפילו אפשרות רחוקה, תהיה כאלישע". אבל אם תלך בדרך האמונה, "רק אז תהיה בשלמות האנושית ותהיה בדרגת ר' עקיבא".  
יהודה ליבס, בספרו "חטאו של אלישע"   הגיע למסקנה שונה. הוא כותב: "אלישע לא חטא בעיונו. חטאו השורשי, שממנו השתלשלו כל שאר חטאיו, היה חטא הגאווה והרהב והחוצפא כלפי שמיא, הוא ביוונית היבריס" (עמ' 23). שורש הבעיה היה נעוץ ב"דבקותו של אלישע בעקרון הצדק, שהוא בעיניו חזות הכל" (עמ' 39). מאחר שאלישע לא מצא צדק בעולם, הוא מרד "נגד הישות העליונה ביותר, הקב"ה שאינו נוהג בצדק" (עמ' 42).
מאיר איילי כותב "אין על כך עוררין, שאלישע בן אבויה היה נמנה בראשית דרכו עם גדולי החכמים עם כל מה שניסו בספרותנו לטשטש את חשיבותו בקהל החכמים, נשתיירו רמזים ברורים, שכוחן היה רב גם בשקלא­וטריא ההלכתית" (עמ' 136). מאיר איילי מוצא את המפתח לחידת אלישע ברקע המעשי של אירועי תקופתו. "בדומה לדור השואה, מאורעות השמד היו מוכרחים לעורר הרהורים, ערעורים וספקות באמונה התמה של צדקת האל" (עמ' 139). לדידו, בני הדור עמדו בפני הברירה: או להתרכז בתורה ומצוות כדוגמת יבנה, או להסיק מסקנות הפוכות ומרחיקות לכת. אלישע בן אבויה "החל לכפור בתורת הגמול, ומכיוון שתפס את עניין קיום המצוות כעין הסכם בין הקב"ה לעם ישראל על הדדיות של 'תן וקח', נתאכזב ויצא לתרבות רעה" (עמ' 141). המסקנה הזאת, שאלישע האשים את אלוהים בהפרת הברית בינו לבין עם ישראל נראית נכונה, אבל אין בכך הצדקה לפסוק שהוא יצא ל"תרבות רעה".
גם עקיבא ומקורביו הסיקו מסקנה מרחיקת לכת כשבחרו למרוד בכיבוש הרומי, וכישלונם החמיר את מצב היהודים באופן קיצוני. התוצאות ההרסניות והאכזריות של מעשיהם הפכו את המצב של "צדיק ורע לו, רשע וטוב לו" לשכיח. מאיר איילי צודק כשהוא מזכיר את קורבנות השואה שעמדו במבוכה וייאוש דומים. אמר דוסטוייבסקי, "אם אין אלוהים, הכל מותר". במחנות המוות הכל היה מותר, ומכאן המסקנה שהסיקו אלי ויזל ורבים אחרים, שאלוהים לא היה שם. אנשי הגות מסורתיים קוראים לתופעה הזאת "הסתרת פנים" של אלוהים, ומציעים מגוון של הסברים בלתי משכנעים. אלישע הגיע לאותו שלב של הכרעה, דחה את ההסברים הלקויים, והסיק את המסקנה המתבקשת: "לית דין ולית דיין". האם יש מקום בדור שבא לאחר השואה להסתייג מן המסקנה הזאת? מסקנה נוספת שמתבקשת קובעת, שאם אלוהים לא דאג לצדק, הרי האחריות נופלת על בני האדם.